停薪留职期间，劳动者与用人单位之间的劳动关系依然存在，只是处于中止履行的状态。以下是从不同角度对这一结论的详细分析：
一、合同层面
停薪留职是劳动者与用人单位通过签订协议的方式约定的，劳动者在一定期限内离开工作岗位，但保留其员工身份。此期间，双方并没有解除劳动合同的合意，劳动合同并未实质性终止或解除。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系，并应订立书面劳动合同。停薪留职并不影响劳动合同的效力，双方需继续遵守劳动合同中的相关条款和约定。
二、权益与义务层面
- 社保缴纳：虽然劳动者在停薪留职期间不领取工资，但用人单位仍需为其缴纳社会保险等法定义务。这是劳动关系存在的一个重要标志，因为社保缴纳是基于劳动关系的存在而进行的。
- 人事管理：用人单位还需为劳动者保留人事档案，这也是劳动关系存在的一个体现。同时，劳动者在停薪留职期间仍需遵守用人单位的一些基本规定，如不得从事与用人单位有竞争关系的业务等，这体现了人格上的从属性。
三、法律规定层面
- 《中华人民共和国劳动合同法》：该法第七条和第十条明确规定，用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系，并应订立书面劳动合同。停薪留职并不影响劳动合同的效力，因此劳动关系得以维持。
- 《工伤保险条例》：该条例第三十三条规定，职工因工作原因需要暂停工作接受医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变。这进一步证明了劳动关系在停薪留职期间的持续性。即使劳动者因工伤等原因需要暂停工作，其劳动关系仍然存在，且用人单位需承担相应的法定义务。
四、特殊情况下的劳动关系调整
- 停薪留职期满后的处理：停薪留职期满后，劳动者应返回原单位复职。如果原单位无法安排工作或已撤销，应按照相关规定进行处理，可能涉及劳动合同的变更或解除。但在此之前，劳动关系仍然存在。
- 协议中的特殊约定：如果停薪留职协议中有明确约定双方劳动关系终止的条款，或者存在其他符合法定劳动关系终止的情形（如劳动者达到退休年龄、用人单位依法解散等），那么劳动关系可能会终止。但这种情况需要具体分析协议内容和相关法律法规来综合判断。
五、实例分析
以员工小李为例，他与公司签订了为期三年的劳动合同，工作一年后因个人原因申请停薪留职两年，公司同意并签订了停薪留职协议。在这两年期间，虽然小李没有工资收入，但公司依然为其缴纳社保，保留其人事档案。根据以上分析，小李与公司的劳动关系在停薪留职期间是持续存在的。
总结与建议：
停薪留职期间，劳动关系依然存在，但处于中止履行的状态。双方需继续遵守劳动合同中的相关条款和约定，用人单位需承担社保缴纳等法定义务。在处理停薪留职相关事宜时，应充分考虑法律法规的规定和双方的实际情况，以确保劳动关系的合法性和稳定性。如果您在停薪留职期间遇到任何法律问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。