合同中可以明确不开发票的扣款条款，但需注意其合法性及潜在风险。以下从不同角度为你详细分析：

1. 合同条款的效力角度
   合同是双方意思自治的体现，原则上只要不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，合同条款即具有法律效力。因此，双方可以在合同中约定“若一方不提供发票，另一方有权扣除相应款项”的条款，这种约定本身是有效的。但需注意，该条款不能成为逃避纳税义务的工具，否则可能因违反《税收征收管理法》《发票管理办法》等规定而被认定无效。

2. 税务合规角度
   根据《发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。因此，开具发票是法定义务，合同中“不开发票”的约定可能因违反法律强制性规定而无效。若付款方以“不开发票”为由扣款，可能面临税务机关的处罚，甚至被认定为偷税漏税行为。

3. 实务操作建议

   • 明确约定发票类型及开具时间：合同中应明确约定发票类型（如增值税专用发票或普通发票）、开具时间（如付款后X日内）及违约责任（如逾期开具发票的违约金），而非直接约定“不开发票扣款”。
     
   • 区分“扣款”与“拒付”：若收款方未开具发票，付款方有权暂缓支付款项，但需在合同中明确约定“付款以收到合法发票为前提”，而非直接约定“扣款”。直接扣款可能被认定为“单方变更合同价款”，引发纠纷。
     
   • 保留证据：若因发票问题产生争议，需保留合同、付款凭证、沟通记录等证据，以证明自身主张。

4. 潜在风险

   • 税务风险：若合同中明确约定“不开发票”，可能被税务机关认定为“隐匿收入”，面临补税、罚款甚至刑事责任。
     
   • 合同风险：若扣款条款被认定无效，付款方可能需全额支付款项，且无法通过合同条款约束收款方开具发票。
     

总结：合同中可以约定与发票相关的条款，但需确保合法合规。建议通过明确发票开具义务、违约责任等方式保障权益，而非直接约定“不开发票扣款”。若涉及复杂交易或大额款项，可进一步细化合同条款，或咨询专业律师设计合规方案。