结论：在竣工验收合格且保修期已过的情况下，发包方一般不能提出承包方有未施工的问题，但存在例外情况。以下从不同角度进行分析：

一、一般情况：发包方不能提出未施工主张

1. 竣工验收合格的效力：

   • 竣工验收合格是建设工程合同中的一个重要节点，它标志着工程已经按照合同约定的标准和质量要求完成，并得到了发包方的认可。
   • 一旦工程通过竣工验收，即视为承包方已经履行了合同约定的主要义务，包括完成了所有施工内容。

2. 保修期过后的影响：

   • 保修期是承包方对工程质量承担保修责任的期限。在保修期内，如果工程出现质量问题，承包方有义务进行修复。
   • 保修期过后，承包方对工程质量的保修责任通常终止（除非合同另有约定或存在隐蔽质量问题）。此时，发包方再提出承包方有未施工的问题，缺乏合同和法律依据。

二、例外情况：发包方可能提出未施工主张

1. 存在隐蔽质量问题：

   • 如果工程存在隐蔽质量问题，即质量问题在竣工验收时未能被发现，但在保修期过后才显现出来，且该质量问题与承包方未施工或施工不当有关，发包方可能仍有权提出主张。
   • 但这种情况下，发包方需要承担举证责任，证明质量问题与承包方未施工或施工不当之间的因果关系。

2. 合同另有约定：

   • 如果建设工程合同中明确约定了即使在竣工验收合格且保修期过后，发包方仍有权对承包方的施工内容进行核查或提出异议，那么发包方可能仍有权提出主张。
   • 但这种约定需要明确、具体，且不违反法律法规的强制性规定。

3. 承包方存在欺诈行为：

   • 如果承包方在施工过程中存在欺诈行为，如故意隐瞒未施工部分、使用劣质材料等，导致工程在竣工验收时未能被发现，发包方在发现后可能仍有权提出主张。
   • 但这种情况下，发包方需要提供充分的证据证明承包方的欺诈行为。

三、法律建议

1. 对于发包方：

   • 在竣工验收时，应仔细核查承包方的施工内容，确保所有约定的工作均已完成且质量符合要求。
   • 在保修期内，应密切关注工程的质量状况，及时发现问题并要求承包方进行修复。
   • 如果在保修期过后发现质量问题或怀疑承包方有未施工的情况，应及时收集证据并咨询专业律师，评估提出主张的可行性和风险。

2. 对于承包方：

   • 在施工过程中，应严格按照合同约定的标准和质量要求进行施工，确保所有工作均已完成且质量符合要求。
   • 在竣工验收时，应积极配合发包方的核查工作，提供必要的资料和证明。
   • 如果在保修期过后被发包方提出未施工的主张，应积极应对并咨询专业律师，维护自己的合法权益。

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