结论：在车辆挂靠合同中，若被挂靠人擅自将车辆抵押，挂靠人能否判决注销抵押，需根据具体情况分析，主要包括抵押是否有效、挂靠人是否知情及同意、以及是否存在其他法定或约定事由等。以下从不同角度进行详细分析：

一、抵押的有效性

1. 抵押权设立的条件：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，抵押权的设立需满足一定的条件，包括抵押物的合法性、抵押人的处分权、抵押合同的合法性等。若被挂靠人擅自将车辆抵押，首先需判断该抵押行为是否满足抵押权设立的条件。

2. 擅自抵押的效力：

   • 若被挂靠人未经挂靠人同意，擅自将车辆抵押，且该抵押行为不符合抵押权设立的条件（如抵押物非被挂靠人所有或无权处分），则该抵押行为可能无效。在此情况下，挂靠人可以请求法院确认抵押无效，并注销抵押登记。

二、挂靠人的知情与同意

1. 挂靠人的知情权：

   • 在车辆挂靠合同中，挂靠人作为车辆的实际所有人或使用人，对车辆享有重要的权益。若被挂靠人擅自将车辆抵押，可能侵犯了挂靠人的知情权。挂靠人有权了解车辆的使用和处分情况，包括抵押情况。

2. 挂靠人的同意权：

   • 若车辆挂靠合同中明确约定了被挂靠人不得擅自抵押车辆，或需经挂靠人同意方可抵押，则被挂靠人擅自抵押车辆的行为违反了合同约定。在此情况下，挂靠人可以依据合同约定，请求法院判决注销抵押。

三、法定或约定事由

1. 法定事由：

   • 若存在法律规定的情形，如抵押物被查封、扣押、监管等，导致抵押权无法实现或抵押行为违法，挂靠人可以请求法院判决注销抵押。

2. 约定事由：

   • 若车辆挂靠合同中明确约定了注销抵押的条件或情形，如被挂靠人违约、挂靠人提前解除合同等，挂靠人可以依据合同约定，请求法院判决注销抵押。

四、实际操作建议

1. 收集证据：

   • 挂靠人应收集相关证据，包括车辆挂靠合同、抵押合同、抵押登记证明、车辆所有权证明等，以证明被挂靠人擅自抵押车辆的行为违法或违约。

2. 协商解决：

   • 在提起诉讼前，挂靠人可以尝试与被挂靠人协商解决，要求被挂靠人注销抵押或赔偿损失。若协商无果，再考虑通过法律途径解决。

3. 提起诉讼：

   • 若协商无果，挂靠人可以向法院提起诉讼，请求法院判决注销抵押。在诉讼过程中，挂靠人应充分陈述事实、提供证据，并依据相关法律法规进行辩论。

总结与建议：在车辆挂靠合同中，若被挂靠人擅自将车辆抵押，挂靠人能否判决注销抵押需根据具体情况分析。建议挂靠人在遇到此类情况时，及时收集证据、与被挂靠人协商解决，并在必要时向法院提起诉讼以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。