结论：三次不参加晨会被开除是否有赔偿，需根据具体情况判断，主要看公司的规章制度是否合法有效、是否明确将不参加晨会列为严重违纪行为，以及公司是否履行了相应的告知和程序义务。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度合法有效且明确规定
规章制度合法性：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果公司的规章制度是依法制定，且内容合法、合理，那么该规章制度对劳动者具有约束力。
规章制度明确性：
- 规章制度中需明确将不参加晨会列为严重违纪行为，并规定相应的处罚措施，包括开除。
- 如果规章制度中未明确将不参加晨会列为严重违纪行为，或者未规定开除作为处罚措施，那么公司以此为由开除员工可能缺乏依据。
告知义务：
- 公司需将规章制度告知员工，确保员工知晓并理解其中的内容。
- 如果公司未履行告知义务，员工可能主张不知情，从而质疑规章制度的效力。
若满足以上条件，公司以三次不参加晨会为由开除员工，可能被视为合法解除劳动合同，员工可能无法获得赔偿。但具体还需看公司是否履行了相应的程序义务，如提前通知工会等。
二、公司规章制度不合法或不明确
规章制度不合法：
- 如果公司的规章制度违反法律、行政法规的规定，或者存在不合理之处，那么该规章制度可能被认定为无效。
- 在此情况下，公司以规章制度为依据开除员工，可能被视为违法解除劳动合同。
规章制度不明确：
- 如果规章制度中未明确将不参加晨会列为严重违纪行为，或者未规定开除作为处罚措施，那么公司以此为由开除员工可能缺乏依据。
- 员工可以主张公司违法解除劳动合同，并要求公司支付赔偿金。
若满足以上条件之一，公司以三次不参加晨会为由开除员工，可能被视为违法解除劳动合同，员工有权要求公司支付赔偿金。赔偿金的计算通常依据员工在公司的工作年限和月工资水平，具体为：每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。如果公司违法解除劳动合同，员工还可以要求公司支付双倍的经济补偿作为赔偿金。
三、其他考虑因素
员工行为性质：
- 即使规章制度中明确将不参加晨会列为严重违纪行为，也需考虑员工不参加晨会的具体原因和性质。
- 如果员工因不可抗力或合理理由无法参加晨会，且及时向公司说明情况，那么公司以此为由开除员工可能缺乏合理性。
公司程序义务：
- 公司在解除劳动合同时，需履行相应的程序义务，如提前通知工会、告知员工解除理由等。
- 如果公司未履行程序义务，即使规章制度合法有效且员工行为构成严重违纪，公司也可能面临违法解除劳动合同的风险。
建议：如果您面临此类情况，建议首先查阅公司的规章制度，了解其中关于晨会参加和违纪处罚的规定。同时，收集相关证据，如晨会通知、考勤记录、与公司的沟通记录等，以证明自己的行为和公司的处理方式。如有必要，可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。