超市员工不经批准擅自离职，工资的计算需综合考虑多个方面，具体如下：

1. 正常出勤工资：

   • 员工擅自离职前，其正常出勤的工资应按照基本工资、提成或计件工资等薪酬构成，结合实际出勤天数来计算。计算公式为：日工资 = 月工资收入 ÷ 月计薪天数（通常为21.75天），应得正常出勤工资 = 日工资 × 实际出勤天数。
   • 法律依据：根据《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》，日工资=月工资收入÷月计薪天数，其中月计薪天数为21.75天。这意味着，即使员工擅自离职，其正常出勤部分的工资也应按照此标准计算并支付。

2. 加班工资：

   • 如果员工在擅自离职前存在加班情况，超市应按照相关法律法规支付加班费。具体标准为：工作日加班按不低于劳动合同规定的小时工资标准的150%支付；休息日加班按不低于日或小时工资标准的200%支付（不能安排补休的情况下）；法定休假日加班按不低于日或小时工资标准的300%支付。
   • 计算公式：
     • 工作日加班工资 = 小时工资 × 加班小时数 × 150%
     • 休息日加班工资 = 日工资或小时工资 × 加班天数或小时数 × 200%
     • 法定休假日加班工资 = 日工资或小时工资 × 加班天数或小时数 × 300%

3. 绩效工资或奖金：

   • 根据超市的绩效工资或奖金制度及员工的绩效考核结果来确定。如果员工在擅自离职前已完成部分工作任务或达到绩效考核标准，超市应按照制度支付相应的绩效工资或奖金。

4. 扣除款项：

   • 超市在支付工资时，可以扣除员工未归还的借款、违反规章制度的罚款（需符合法律规定和公司制度）、个人所得税、社会保险个人缴纳部分等。但扣除款项需有明确的法律依据或公司制度支持，且不得侵犯员工合法权益。例如，罚款不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。

5. 特殊情况处理：

   • 如果员工处于试用期擅自离职，其工资不得低于本单位相同岗位最低档工资的80%，且不得低于当地最低工资标准。
   • 关于经济补偿，由于员工是擅自离职，通常不符合支付经济补偿的情形。但如果超市存在未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等违法行为，员工以此为由解除劳动合同的，超市应支付经济补偿。经济补偿的标准为：每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。

6. 离职手续与法律责任：

   • 超市应在解除或终止劳动合同时出具离职证明，并在十五日内为员工办理档案和社会保险关系转移手续。
   • 如果超市未按规定支付工资或经济补偿，员工可向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，超市将承担相应的法律责任。

总结与建议：

• 超市在处理员工擅自离职的情况时，应严格按照法律法规和公司制度执行，确保员工的合法权益得到保障。
• 员工也应了解自身权益，在离职前尽量与超市协商解决工资等问题，避免引发不必要的劳动争议。
• 如果双方无法协商解决，建议通过法律途径维护自身利益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。