结论：您持有土地部门发放的建设用地证件并支付了补偿费，这一行为本身并不违法，但具体是否合法还需结合证件的取得过程、土地性质、用途以及补偿费的支付情况等多方面因素综合判断。以下是对此问题的详细分析：

一、证件的合法性

1. 证件来源：

   • 如果您的建设用地证件是通过合法程序，如申请、审批、公示等，由土地部门正式发放的，那么该证件本身具有法律效力，是您合法使用土地的凭证。

2. 土地性质与用途：

   • 您需要确认该建设用地是否符合当地的土地利用总体规划和城乡规划，以及是否用于了规定的用途（如住宅、商业、工业等）。如果土地性质或用途与证件不符，可能会面临法律风险。

二、补偿费的支付

1. 补偿费性质：

   • 补偿费通常是在土地被征收或征用时，由征收方支付给被征收方的费用，用于弥补被征收方因土地被占用而遭受的损失。如果您支付了补偿费，这可能意味着您是在某种形式的土地流转或征收过程中获得了土地使用权。

2. 补偿费支付情况：

   • 您需要确认补偿费的支付是否合法、合理，以及是否符合当地的相关规定。如果补偿费支付不当，如金额不足、支付方式不合法等，可能会影响您使用土地的合法性。

三、可能存在的法律风险

1. 证件取得过程：

   • 如果您的证件是通过非法手段取得的，如行贿、伪造文件等，那么该证件无效，您使用土地的行为也将构成违法。

2. 土地流转合规性：

   • 如果您是通过流转方式获得土地使用权的，需要确认流转过程是否合法，是否经过了必要的审批和公示程序。非法流转土地使用权可能面临行政处罚甚至刑事责任。

3. 违反土地管理法规：

   • 如果您在使用土地过程中违反了土地管理法规，如擅自改变土地用途、超面积建设等，将可能面临行政处罚，包括罚款、限期拆除等。

四、建议与措施

1. 核实证件与土地信息：

   • 建议您核实建设用地证件的真实性、合法性以及土地的性质和用途，确保与证件相符。

2. 了解补偿费支付情况：

   • 确认补偿费的支付是否合法、合理，并保留好相关支付凭证和协议。

3. 咨询专业意见：

   • 如果您对土地使用、流转或补偿费支付等方面存在疑问或担忧，可以向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和建议。

4. 遵守法律法规：

   • 在使用土地过程中，务必遵守相关的土地管理法规和政策，避免违法行为的发生。

最后，如果您在土地使用过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和支持。