结论：您持有土地部门发放的证件并支付了补偿费，这一行为本身并不违法，但具体是否合法还需根据证件类型、土地用途、补偿标准及程序等多个因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、证件合法性角度

1. 证件类型与土地用途：

   • 您需确认土地部门发放的证件类型（如建设用地规划许可证、土地使用权证等）以及证件上载明的土地用途。若证件合法且土地用途符合规划要求（如用于建设住宅、商业设施等），则您的行为在证件范围内是合法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，使用土地必须依法取得土地使用权，并按照土地用途使用土地。

2. 证件发放程序：

   • 证件的发放需遵循法定程序，包括申请、审批、公示等环节。若证件发放程序合法，无违规操作，则证件具有法律效力。
   • 建议：您可查阅相关法律法规或咨询当地土地管理部门，了解证件发放的具体程序和要求。

二、补偿费合法性角度

1. 补偿标准与程序：

   • 支付补偿费是土地征收或使用过程中的常见做法，但补偿标准需符合法律法规规定，且补偿程序需合法。若补偿标准过低或补偿程序违规，可能影响您的合法权益。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》第四十八条，征收土地应当给予公平、合理的补偿，保障被征地农民原有生活水平不降低、长远生计有保障。

2. 补偿协议与凭证：

   • 您应确保与土地部门或相关方签订了书面的补偿协议，并保留好补偿费的支付凭证。这些文件是证明您已依法获得补偿的重要证据。
   • 建议：若您对补偿标准或程序有疑问，可咨询当地土地管理部门或寻求法律援助。

三、潜在风险与应对措施

1. 证件与土地用途不符的风险：

   • 若证件上载明的土地用途与实际使用不符，可能面临土地管理部门处罚或证件被撤销的风险。
   • 应对措施：您应严格按照证件上载明的土地用途使用土地，避免违规操作。

2. 补偿费纠纷的风险：

   • 若未来因补偿费问题产生纠纷，您需凭借补偿协议和支付凭证等证据维护自己的合法权益。
   • 应对措施：建议您在签订补偿协议前仔细阅读条款内容，确保自己的权益得到充分保障；同时保留好所有相关证据以备不时之需。

四、综合建议

1. 核实证件与补偿情况：

   • 建议您仔细核对土地部门发放的证件类型、土地用途以及补偿标准、程序等信息，确保所有环节均合法合规。

2. 咨询专业意见：

   • 若您对证件合法性、补偿标准或程序等方面存在疑问或担忧，可咨询当地土地管理部门或寻求专业律师的法律意见。

3. 保留证据：

   • 无论证件还是补偿协议、支付凭证等文件，都是您维护自己合法权益的重要证据。请务必妥善保管这些文件以备不时之需。

如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。