核心结论：请假扣星期天工资是否合理及如何计算，需结合请假类型、公司规章制度及法律规定综合判断，具体分以下情况说明：

1. 若请假属于法定带薪休假（如年假、婚假、产假等）

根据《劳动法》及《职工带薪年休假条例》，员工在法定带薪休假期间，公司不得扣减工资，包括周末工资。若公司以“请假扣周末工资”为由克扣，属于违法行为，员工可要求补发工资或向劳动监察部门投诉。

计算方式：周末工资应按正常出勤工资标准发放，不得扣除。例如，员工日工资为300元，周末请假1天，公司仍需支付300元。

2. 若请假属于事假

事假通常为无薪假，但周末工资是否扣减需分情况：

• 公司规章制度明确规定“事假扣周末工资”：若该规定不违反法律强制性规定（如未低于最低工资标准），可能被认定为有效。但需注意，周末本身属于休息日，若员工未实际出勤，公司无需支付周末工资，但也不应额外扣减（如将周末工资从其他工作日工资中扣除）。
• 公司规章制度无明确规定：根据《工资支付暂行规定》，事假期间公司可不支付工资，但仅限于实际请假天数对应的工资，不得扩大扣减范围。例如，员工周一至周五请3天事假，公司只能扣3天工资，不得扣周末工资。

计算方式：若公司合法扣减，周末工资通常不单独计算（因周末本身不计薪）；若公司违法扣减，员工可要求按实际出勤天数补发工资。

3. 若请假属于病假

根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，病假期间公司需支付病假工资，不得扣减周末工资。病假工资标准通常为本人工资的70%-90%（具体比例因地而异），但不得低于当地最低工资标准的80%。

计算方式：周末工资应按病假工资标准发放。例如，员工日病假工资为200元，周末请假1天，公司需支付200元。

4. 公司规章制度违法时的处理方式

若公司规章制度存在以下情形，员工可主张权利：

• 规定“请假扣周末工资”且无法律依据；
• 扣减后工资低于当地最低工资标准；
• 未通过民主程序制定或未公示规章制度。

建议行动：

1. 与公司协商：要求公司出示规章制度依据，并说明扣减合理性；
2. 向劳动监察部门投诉：若公司拒不改正，可拨打12333或通过当地劳动保障监察大队举报；
3. 申请劳动仲裁：若争议较大，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求补发工资及赔偿。

总结：请假扣周末工资是否合法，关键看请假类型及公司规章制度是否符合法律规定。若公司行为违法，员工有权要求补发工资并维护自身权益。如有具体案例或细节需要进一步分析，可直接向我咨询。