结论：公司因员工不穿工作服而扣款的行为是否合法，需根据具体情况判断，若公司规章制度合法且已公示，同时扣款金额合理，则扣款行为可能合法；反之，则不合法。针对您提到的公司扣50元、车间扣200元的情况，需进一步分析。
分析：
公司规章制度：
- 公司是否有明确的规章制度规定员工必须穿工作服，以及不穿工作服的处罚措施？
- 这些规章制度是否经过民主程序制定，并已向员工公示或告知？
- 如果公司有合法且已公示的规章制度，且规章制度中明确规定了不穿工作服的处罚措施，那么公司有权依据规章制度对员工进行处罚。
扣款金额的合理性：
- 扣款金额是否合理，是否超过了员工因不穿工作服可能给公司造成的实际损失？
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 针对您的情况：如果公司扣50元、车间扣200元，合计扣款250元，您需要判断这一金额是否超过了您当月工资的20%，以及扣除后您的工资是否仍高于当地最低工资标准。如果超过了20%或扣除后低于最低工资标准，则扣款行为可能不合法。
扣款程序的合法性：
- 公司是否在扣款前告知了员工扣款的原因和金额？
- 员工是否有机会对扣款提出异议或申诉？
- 如果公司未履行告知义务或未提供申诉渠道，扣款行为可能因程序不合法而无效。
建议：
- 核查公司规章制度：查看公司是否有关于穿工作服的明确规定，以及不穿工作服的处罚措施，并确认这些规定是否经过民主程序制定并已公示。
- 计算扣款比例：根据您的工资情况，计算扣款金额是否超过了当月工资的20%，以及扣除后是否仍高于当地最低工资标准。
- 与公司沟通：如果认为扣款行为不合法，可以与公司沟通，要求公司提供扣款的合法依据和计算方式，并表达您的异议。
- 寻求法律援助：如果与公司沟通无果，您可以向我咨询，我会根据您的具体情况提供进一步的法律建议和帮助。
可能后果：
- 如果公司扣款行为合法，您可能需要接受扣款，并遵守公司的规章制度。
- 如果公司扣款行为不合法，您有权要求公司返还扣款，并可能因此获得一定的赔偿或补偿。同时，公司可能因违法扣款而面临劳动行政部门的处罚。