企业是否会直接开除持有个体营业执照的员工，需结合具体情况判断，法律上并无“一刀切”的禁止性规定，但可能涉及以下两种核心情形：

1. 若员工行为违反公司规章制度或劳动合同约定，企业可能合法解除劳动关系

根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可解除劳动合同。若公司规章制度明确规定“禁止员工在外从事同类或竞争业务”“禁止兼职影响本职工作”等内容，且该制度已通过民主程序制定、向员工公示（如培训签到、签字确认等），则企业发现员工持有个体营业执照后，可能以“严重违纪”为由解除合同。
关键点：

• 制度需合法有效（内容不违反法律强制性规定，程序合法）；
  
• 员工行为需与制度条款“匹配”（如个体营业执照经营范围与公司业务存在竞争关系）；
  
• 企业需举证员工行为已实际影响本职工作（如频繁请假处理个体事务、利用公司资源经营个体业务等）。
  

2. 若员工行为未违反制度或合同，企业单方解除可能构成违法解除

若公司规章制度未明确禁止员工持有营业执照，或员工个体经营与本职工作无关联（如员工在公司从事技术工作，个体营业执照为餐饮类），且未因此影响工作质量、泄露公司机密等，则企业直接开除可能缺乏法律依据。此时员工可依据《劳动合同法》第四十八条，要求企业继续履行合同或支付赔偿金（工作每满1年支付2个月工资）。
例外情形：

• 若员工为国企、事业单位等特定主体，或涉及公务员、教师等特殊身份，可能受《公务员法》《事业单位工作人员处分暂行规定》等限制，需另行分析；
  
• 若员工个体经营涉及非法活动（如销售违禁品），企业可依据《劳动合同法》第三十九条第二款“严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害”解除合同，但需举证损害结果。
  

给员工的建议

1. 自查制度：先确认公司规章制度、劳动合同中是否有相关限制条款；
   
2. 评估影响：若个体经营与本职无关且未影响工作，可与企业沟通说明情况；
   
3. 保留证据：若企业无合法理由开除，注意保存工资条、考勤记录、解除通知等证据，以便维权。
   

给企业的建议

1. 完善制度：在规章制度中明确“兼职或经营活动的限制条件”（如禁止竞争业务、需提前报备等）；
   
2. 合法解除：若需解除合同，务必收集员工违纪证据（如个体经营记录、工作影响证明等），避免违法解除风险。
   

如有具体案例细节（如公司类型、个体经营范围、是否影响工作等），可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您详细分析。