个人注册个体工商户本身并不违法，单位也不能仅因此就开除员工。下面我详细为您解释一下：
个人注册个体工商户的合法性：
- 根据我国相关法律法规，个人是有权注册个体工商户的，这是合法的经营行为。个体工商户是指有经营能力，并依照相关规定经工商行政管理部门登记，从事工商业经营的公民。因此，只要您按照法定程序进行注册登记，并遵守相关法律法规进行经营，个人注册个体工商户就是合法的。
单位开除员工的条件：
- 单位开除员工需要基于合法的理由和程序。一般来说，员工严重违反单位规章制度、严重失职、营私舞弊、对单位造成重大损害，或者因其他原因无法胜任工作等情况，单位才有可能考虑开除员工。
- 仅仅因为员工个人注册了个体工商户，并不能直接构成单位开除员工的合法理由。除非单位有明确的规章制度规定，员工不得从事与单位业务相竞争的经营活动，且该规章制度已经过合法程序制定并公示，否则单位不能仅凭此理由开除员工。
综上所述，个人注册个体工商户本身并不违法，单位也不能仅因此就开除员工。如果您在这方面遇到了问题或纠纷，可以随时向我咨询，我会为您提供更详细的法律建议和帮助。