结论：公司以不能胜任工作为由通知终止劳动关系，即便员工同意，是否能获得赔偿仍需根据具体情况判断。若公司合法辞退，员工可获得经济补偿金；若公司违法辞退，员工则有权要求双倍赔偿金。

详细分析：

1. 合法辞退与经济补偿

   • 条件：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条第二项，公司需证明员工不能胜任工作，且经过培训或调整工作岗位后仍不能胜任。同时，公司需提前三十日以书面形式通知员工，或额外支付一个月工资。

   • 经济补偿计算：

     • 经济补偿按员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
     • 月工资指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，包括基本工资、奖金、津贴等。
     • 若员工月工资高于当地上年度职工月平均工资的3倍，经济补偿标准按职工月平均工资的3倍计算，且补偿年限最高不超过12年。

   • 示例：假设员工在公司工作了5年，月工资为10000元（未超过当地上年度职工月平均工资的3倍），则经济补偿为5个月工资，即50000元。

2. 违法辞退与赔偿金

   • 条件：若公司未能提供充分证据证明员工不能胜任工作，或未履行培训、调岗等法定程序就直接辞退员工，则构成违法辞退。

   • 赔偿金计算：赔偿金为经济补偿标准的两倍。即，按员工在本单位工作的年限，每满一年支付两个月工资的标准向员工支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付一个月工资的赔偿金。

   • 示例：沿用上例，若公司违法辞退员工，则赔偿金为10个月工资，即100000元。

3. 无需支付补偿的情形

   • 若公司能证明员工在试用期内不符合录用条件，或存在严重违反公司规章制度、严重失职给公司造成重大损害等行为，公司可依法解除劳动合同且无需支付经济补偿或赔偿金。

4. 特殊群体的保护

   • 对于孕期、产期、哺乳期的女职工，或患有职业病、因工负伤并被确认丧失或部分丧失劳动能力的员工等特殊群体，公司在辞退时需给予更优厚的补偿，具体依据相关法律法规执行。

5. 维权途径与建议

   • 留存证据：保留好劳动合同、工资流水、工作表现评估等相关证据。
   • 协商与投诉：先尝试与公司协商，若无果可向当地劳动监察部门投诉。
   • 劳动争议调解：可向企业劳动争议调解委员会或相关调解组织申请调解。
   • 劳动仲裁与诉讼：若问题仍未解决，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服的可向人民法院提起诉讼。

总结与建议：面对公司以不能胜任工作为由的辞退，员工应首先判断公司的辞退行为是否合法合规。若公司合法辞退，员工可获得经济补偿金；若公司违法辞退，员工则有权要求双倍赔偿金。同时，员工应保留好相关证据，以便在维权时提供有力支持。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。