结论：试用期内员工培训认证未通过，公司从工资中扣违约金一般是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：
法律层面
- 《劳动合同法》相关规定
- 根据《劳动合同法》第二十二条，用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
- 这表明，只有在用人单位为劳动者提供了专项培训费用，并且双方约定了服务期的情况下，劳动者违反服务期约定才需要支付违约金。如果公司只是进行了普通的入职培训，并没有产生专项培训费用，或者没有与员工约定服务期，那么公司无权要求员工支付违约金，更不能从工资中扣除。
- 例如，公司安排新员工参加为期一周的内部业务培训，培训内容主要是公司业务流程和基本操作规范，没有产生额外的专项培训费用，也没有与员工约定服务期。这种情况下，员工培训认证未通过，公司不能从其工资中扣违约金。
- 工资支付规定
- 《工资支付暂行规定》第十五条规定，用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
- 从这一规定可以看出，公司从员工工资中扣除违约金并不在法律允许的代扣范围内，除非符合上述特定情形，而培训认证未通过显然不属于这些情形。
实际操作层面
- 公司规章制度
- 即使公司内部规章制度中规定了员工培训认证未通过需要支付违约金，并且可以从工资中扣除，但如果该规章制度没有经过民主程序制定（如经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定），或者没有向员工公示告知，那么该规章制度对员工是不具有约束力的，公司不能依据此规章制度从员工工资中扣违约金。
- 比如，公司制定了一项内部规定，规定新员工试用期内培训认证未通过需支付一定金额的违约金，但该规定只是公司管理层自行决定，没有经过职工代表大会讨论，也没有在公司内部进行公示，员工根本不知道有这样的规定。这种情况下，公司不能依据此规定扣除员工工资。
- 培训协议约定
- 如果公司与员工签订了培训协议，约定了培训认证未通过的处理方式，但该约定违反了法律法规的强制性规定，也是无效的。例如，培训协议中约定无论公司是否提供专项培训费用，员工培训认证未通过都要支付高额违约金，这种约定因为违反了《劳动合同法》中关于违约金的规定而无效，公司不能依据此约定扣除员工工资。
建议：如果公司以培训认证未通过为由从你的工资中扣违约金，你可以先与公司协商，要求公司说明扣除工资的法律依据和具体计算方式。如果协商不成，你可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，可以直接向我咨询。