通常情况下，员工违反培训协议，用人单位不能直接从工资中扣除违约金。具体分析如下：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条，劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。

2. 违约金与工资的关系：

   • 工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，而违约金是劳动者因违反服务期约定而应承担的责任。两者性质不同，不能混为一谈。
   • 因此，用人单位不能直接从劳动者的工资中扣除违约金。如果劳动者需要支付违约金，应当通过其他方式支付，如银行转账等。

3. 特殊情况：

   • 当然，如果双方在培训协议中有特别约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么按照约定执行。但这种情况较为少见，且需要具体分析。

综上所述，员工违反培训协议时，用人单位不能直接从工资中扣除违约金。如果用人单位要求劳动者支付违约金，应当遵循法律法规的规定，并确保违约金的数额合理、合法。如有任何疑问或争议，建议双方协商解决或寻求法律援助。