您自建的厂房被他人租用后改建用于养鸡，您申请权益保护是有法可依的。以下从不同角度为您详细分析：
一、租赁合同角度
合同约定：首先，需要查看您与承租人之间签订的租赁合同中，是否有关于厂房用途、改建、维修等方面的明确约定。如果合同中明确规定了厂房的用途（如工业生产）以及禁止改建或需经出租人同意方可改建等条款，那么承租人未经您同意擅自改建用于养鸡，就构成了违约行为。
违约责任：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。因此，您有权要求承租人恢复原状、赔偿损失或承担其他违约责任。
二、物权保护角度
物权法保护：您作为厂房的所有权人，享有对厂房的占有、使用、收益和处分的权利。承租人未经您同意擅自改建厂房，侵犯了您的物权。
排除妨害请求权：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。您有权要求承租人停止侵害、排除妨害，并恢复原状。如果承租人拒不履行，您可以向人民法院提起诉讼，请求法院强制执行。
三、行政法规角度
规划许可：如果承租人的改建行为涉及到了厂房的结构、外观或用途的重大变更，且未取得相关规划部门的许可，那么该改建行为可能违反了城乡规划法的相关规定。
行政处罚：对于违反城乡规划法的改建行为，城乡规划主管部门有权责令停止建设、限期改正，并可以处以罚款。如果改建行为严重到了需要拆除的程度，城乡规划主管部门还有权责令限期拆除。
四、建议与措施
收集证据：在采取任何法律行动之前，建议您先收集相关证据，如租赁合同、厂房改建前后的照片、视频、证人证言等，以证明承租人的违约行为和侵权行为。
协商沟通：在证据充分的情况下，您可以先尝试与承租人进行协商沟通，要求其停止侵害、恢复原状或赔偿损失。如果协商无果，再考虑采取法律手段。
法律途径：如果协商无果，您可以向人民法院提起诉讼，请求法院判决承租人承担违约责任或侵权责任，并赔偿您的损失。在诉讼过程中，您需要充分展示证据，证明自己的主张。
总结来说，您自建的厂房被他人租用后改建用于养鸡，您完全有权申请权益保护。在处理此类纠纷时，建议您先查看租赁合同中的相关约定，收集相关证据，并尝试与承租人进行协商沟通。如果协商无果，再考虑采取法律手段维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。