结论前置：如果您认为自己是无犯罪事实的，但检察院却给出了存疑不起诉的决定，您可以通过向作出不起诉决定的检察院提出申诉，或者向上一级检察院申诉来维护自己的权益。以下是对此问题的详细分析：
一、存疑不起诉的含义与背景
存疑不起诉，即证据不足的不起诉，是指检察机关在审查案件后，认为现有证据不足以支持对犯罪嫌疑人提起公诉，或证据间存在无法排除的矛盾与合理怀疑，从而作出的不起诉决定。这并不意味着认定犯罪嫌疑人无罪，而是基于当前证据状况无法确保成功定罪。
二、申诉的法律依据与途径
法律依据：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，对于检察院作出的不起诉决定，被不起诉人如果不服，有权向作出不起诉决定的检察院提出申诉，也可以向上一级检察院申诉。
申诉途径：
- 向作出不起诉决定的检察院申诉：您可以直接向作出存疑不起诉决定的检察院提交申诉书，说明您认为自己无罪的理由和证据，请求检察院重新审查案件。
- 向上一级检察院申诉：如果您对作出不起诉决定的检察院的处理结果不满意，还可以向上一级检察院提出申诉，请求上一级检察院对案件进行复核。
三、申诉时需要准备的材料与注意事项
准备材料：
- 申诉书：详细陈述您认为自己无罪的理由和证据，包括案件事实、证据情况、法律适用等方面的内容。
- 相关证据材料：提供能够证明您无罪的证据材料，如证人证言、物证、书证等。
注意事项：
- 申诉时效：注意申诉的时效问题，一般应在收到不起诉决定书后七日以内向检察院提出申诉。
- 申诉理由充分性：确保申诉理由充分、合理，能够说服检察院重新审查案件。
- 证据的真实性与合法性：提供的证据材料应真实、合法，能够经得起法律程序的检验。
四、申诉后的可能结果与后续行动
可能结果：
- 检察院重新审查：检察院在收到您的申诉后，会重新审查案件，如果认为您的申诉理由成立，可能会撤销原不起诉决定，提起公诉或作出其他处理。
- 维持原不起诉决定：如果检察院认为您的申诉理由不成立，可能会维持原不起诉决定。
后续行动：
- 如果申诉被驳回：如果您的申诉被检察院驳回，您可以考虑通过其他途径维护自己的权益，如向法院提起自诉（在符合自诉条件的情况下）或寻求其他法律救济。
- 如果申诉成功：如果检察院重新审查后认为您确实无罪，会撤销原不起诉决定，并可能作出无罪处理。此时，您可以要求检察院恢复您的名誉、赔偿损失等。
五、法律建议与风险提示
法律建议：
- 及时咨询专业律师：在申诉过程中，建议您及时咨询专业律师，了解申诉的具体流程和注意事项，确保申诉的顺利进行。
- 积极收集证据：努力收集能够证明您无罪的证据材料，为申诉提供有力支持。
风险提示：
- 申诉难度：申诉的难度较大，需要充分的理由和证据支持。因此，在申诉前应充分评估申诉的可行性和风险。
- 法律后果：如果申诉被驳回或维持原不起诉决定，您可能需要承担一定的法律后果，如接受行政处罚、民事赔偿等。因此，在申诉前应充分考虑这些因素。
最后，如果您认为自己无罪且对检察院的存疑不起诉决定不服，可以通过申诉来维护自己的权益。在申诉过程中，请务必注意申诉的时效、理由充分性和证据的真实性与合法性。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。