结论：法院机关工勤人员退休满两年后，即使持有律师证，一般也不能代理本院案件，但存在特定例外情形。
分析说明：
一般规定：
- 根据《中华人民共和国律师法》及相关规定，律师在执业过程中应当遵守执业纪律和职业道德，其中一项重要原则就是避免利益冲突。法院机关工勤人员退休后，虽然身份发生了变化，但若其原工作单位与拟代理的案件存在直接或间接的关联，如案件涉及原工作单位或其工作人员，则可能构成利益冲突，违反律师执业纪律。
- 此外，根据《法官法》、《检察官法》以及《公务员法》等相关法律法规的精神，公职人员（包括退休公职人员）在离职后一定期限内，通常不得从事与原工作业务直接相关的营利性活动，以防止利用原职务影响谋取不正当利益。虽然这些规定直接针对的是法官、检察官和公务员，但法院机关工勤人员作为法院系统的一员，其退休后的行为也可能受到类似原则的约束，尤其是在涉及法院案件代理时。
例外情形：
- 如果退休的法院机关工勤人员与拟代理的案件无任何关联，且其原工作单位（即法院）同意其代理该案件（这种情况较为罕见，且需严格审查），同时该代理行为不违反律师执业纪律和职业道德，那么理论上存在代理的可能性。但实际操作中，这种情况几乎不会发生，因为法院通常会避免此类可能引发利益冲突或公众质疑的代理行为。
- 另一种例外情形是，如果退休的法院机关工勤人员以非律师身份（如公民代理）参与诉讼，且符合相关法律法规关于公民代理的规定（如与当事人有近亲属关系、与当事人有劳动关系等），那么其可能可以代理本院案件。但这种情况同样受到严格限制，且需法院审查同意。
法律建议：
- 对于退休的法院机关工勤人员而言，如果打算持有律师证并从事律师职业，应严格遵守律师执业纪律和职业道德，避免代理与原工作单位或其工作人员有关的案件，以防止利益冲突和公众质疑。
- 如果确实需要代理某类案件，且该案件与原工作单位无直接关联，建议事先咨询当地律师协会或司法行政机关，了解相关法律法规和执业纪律的具体要求，确保代理行为的合法性和合规性。
- 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见。