结论：公司把基础工资做低、绩效做高是否合法，需结合具体情况判断，但若因此导致员工实际收入低于法定最低工资标准，或未依法签订劳动合同明确工资构成，则可能违法。以下从不同角度详细分析：

一、合法性核心判断标准

1. 最低工资标准红线
   根据《最低工资规定》，劳动者在法定工作时间内提供正常劳动后，用人单位支付的工资不得低于当地最低工资标准。若公司通过“低底薪+高绩效”模式，导致员工某月因绩效未达标（如病假、事假等）实际收入低于最低工资，则属于违法行为。
   示例：某地最低工资为2000元/月，公司约定底薪1500元+绩效500元。若员工某月绩效未达标仅拿1500元，则公司需补足至2000元，否则违法。

2. 劳动合同明确性要求
   根据《劳动合同法》，工资构成（包括底薪、绩效比例等）需在劳动合同中明确约定。若公司未书面告知员工工资拆分方式，或单方面调整工资结构未与员工协商一致，可能被认定为“未及时足额支付劳动报酬”，员工有权要求补足差额或解除合同并索赔。

二、可能违法的具体情形

1. 以“绩效”为名克扣工资
   若公司设定的绩效目标不合理（如要求员工完成不可能的任务），或以“绩效不达标”为由随意扣减工资，可能违反《工资支付暂行规定》中“用人单位不得克扣劳动者工资”的规定。
   法律后果：员工可向劳动监察部门投诉，要求公司支付被克扣工资及25%经济补偿金。

2. 影响社保、加班费等权益
   社保缴费基数、加班费计算基数通常以员工上年度月平均工资为准。若公司故意压低底薪，可能导致社保缴费不足或加班费计算偏低，间接损害员工权益。
   示例：员工实际月收入8000元（底薪3000+绩效5000），但公司仅按3000元基数缴纳社保，则员工退休后养老金可能减少。

三、合法操作的前提条件

若公司希望采用“低底薪+高绩效”模式，需满足以下条件：

1. 确保最低工资保障：即使绩效为0，员工底薪仍需≥当地最低工资标准；
   
2. 绩效目标合理：绩效指标需可量化、可达成，且与员工岗位职责匹配；
   
3. 民主程序公示：工资结构调整需经职工代表大会讨论，并与员工签订书面变更协议；
   
4. 及时足额支付：绩效工资需按约定时间发放，不得拖延或克扣。

四、员工应对建议

1. 核查工资条：确认底薪、绩效比例及实际发放金额是否符合合同约定；
   
2. 保留证据：保存劳动合同、工资条、绩效考核表等材料，以备维权使用；
   
3. 协商或投诉：若发现公司违法，可先与公司协商补足差额；协商无果可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。

总结：公司调整工资结构本身不违法，但需以“保障员工基本权益”为前提。若您遇到类似情况，可直接向我咨询具体细节，我会帮您分析公司操作是否合规，并制定维权方案。