核心结论：公司注销期间员工在工厂受伤的处理需分情况讨论，主要取决于公司注销程序进展、劳动关系状态及工伤保险参保情况。以下是具体分析：
1. 若公司尚未完成注销登记，劳动关系仍存续
- 工伤认定优先：即使公司处于注销清算阶段，只要未完成工商注销登记，劳动关系仍视为存续。员工受伤后应按《工伤保险条例》申请工伤认定，公司需承担工伤保险责任。
- 清算组责任：根据《公司法》第185条，清算组需通知债权人申报债权，包括工伤赔偿请求。若清算组未履行通知义务导致员工无法主张权利，员工可要求清算组成员承担赔偿责任。
- 实务建议：
- 员工应尽快向公司清算组申报工伤债权，并保留劳动关系证明（如劳动合同、工资记录）；
- 公司清算组需将工伤赔偿列入清算债务，按法定顺序清偿。
2. 若公司已完成注销登记，劳动关系终止
- 主体资格消灭：公司注销后，法人资格终止，无法直接作为责任主体。此时需追溯股东或实际控制人责任：
- 未依法清算：若公司注销时未清偿工伤债务，员工可依据《公司法司法解释二》第20条，要求股东或实际控制人承担赔偿责任；
- 虚假清算：若股东通过虚假清算逃避债务（如未通知债权人、提供虚假清算报告），员工可主张股东对公司债务承担连带责任。
- 实务建议：
- 员工需收集公司注销程序违法的证据（如未公告、清算报告不实）；
- 优先通过劳动仲裁确认债权，再向法院起诉股东或实际控制人。
3. 工伤保险参保情况的影响
- 已参保：由工伤保险基金支付医疗费、伤残补助等费用，公司注销不影响员工权益；
- 未参保：公司需全额承担工伤赔偿。若公司已注销，员工可依据《社会保险法》第41条，要求工伤保险基金先行支付（需满足“用人单位不支付”条件），再由社保部门向股东追偿。
4. 特殊情形：第三方侵权导致受伤
- 若受伤由第三方（如设备供应商、施工方）造成，员工可同时主张工伤赔偿和侵权赔偿（双重赔偿原则）。公司注销不影响员工向第三方追责的权利。
行动建议：
- 员工应立即收集劳动关系证明、工伤证据（如监控录像、医疗记录）；
- 查询公司工商状态，确认是否已完成注销；
- 若公司未注销，向清算组申报债权；若已注销，向股东或实际控制人主张权利；
- 必要时申请劳动仲裁或提起民事诉讼，维护合法权益。
如有进一步细节（如注销程序进展、受伤原因等），可向我补充说明，我会为您定制更具体的解决方案。