公司私自扣员工工资，若缺乏法定理由或未经法定程序，则属于违法行为；但若存在正当理由且符合相关法律规定，扣减工资则是合法的。下面我将从不同角度为您详细分析：
一、不合法的情况
违反《中华人民共和国劳动法》：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。公司若无故或未经法定程序扣减员工工资，即构成违法。
- 例子：公司以“业绩不达标”为由，未经员工同意，直接扣减工资，且未提供任何书面通知或解释，这种行为就是违法的。
随意制定罚款制度：
- 公司不能以员工上班迟到、未穿工作服等轻微违规为由进行罚款，除非这些罚款已在劳动合同中明确约定，并经过民主程序制定相关规章制度。否则，这种私自扣款行为将违反法律规定。
- 例子：公司突然出台一项规定，员工迟到一次罚款100元，但这项规定并未在劳动合同中明确，也未经过员工代表大会或全体员工的讨论通过，那么这种罚款就是违法的。
以经营困难为由单方面扣工资：
- 公司经营不善时，不能单方面决定降低员工工资或克扣工资，这侵犯了劳动者获得劳动报酬的权利，属于违法行为。
- 例子：公司因经营不善，未经员工同意，直接通知所有员工工资减半发放，这种行为就是违法的。
二、合法的情况
代扣代缴必要费用：
- 公司可以依法从员工工资中代扣以下费用：个人所得税；应由员工个人负担的各项社会保险费用；法院判决裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等。这些代扣行为是基于法律规定的，因此是合法的。
- 例子：公司按照国家规定，从员工工资中代扣个人所得税和社会保险费用，这是合法的。
赔偿经济损失：
- 如果员工因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但需注意以下几点：赔偿金额可从劳动者本人的工资中扣除；每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%；扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
- 例子：员工因疏忽导致公司财产损失，公司按照劳动合同约定，从员工工资中扣除了一定比例的赔偿金额，且扣除后的工资不低于当地最低工资标准，这种行为是合法的。
三、员工权益保护
如果员工认为公司扣减工资不合理或违法，可以采取以下措施维护自己的权益：
- 与用人单位协商：首先尝试与公司进行沟通，了解扣款的具体原因，并提出自己的异议。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。投诉时，应准备相关证据材料，如劳动合同、工资条、考勤记录等。
- 法律途径维权：在必要时，员工可以提起劳动仲裁或诉讼，通过法律手段来维护自己的合法权益。
总结与建议：公司私自扣员工工资是否合法需根据具体情况判断。员工应了解自己的权益和公司的扣款依据，以便在必要时采取适当的措施来保护自己的合法权益。如果您在工资福利方面遇到任何问题，欢迎直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。