针对村两委发包工程程序未完全到位的情况，处理方式需结合具体程序瑕疵类型、法律后果及补救可能性综合判断。以下是分情况处理建议：

1. 程序瑕疵类型与法律后果分析

   • 未履行民主议定程序：若工程发包未经村民会议或村民代表会议讨论决定（《村民委员会组织法》第24条），可能构成程序违法。此时合同效力存疑，但若工程已实际履行且质量合格，法院可能依据《民法典》第153条认定合同有效，但村两委需承担行政责任（如乡镇政府责令改正）。
     
   • 未公开招标或违规招标：若工程达到招标规模标准（《招标投标法》第3条）却未公开招标，或存在围标、串标行为，合同可能被认定无效。承包方可主张返还财产或赔偿损失，村两委需承担行政处罚（如罚款、没收违法所得）。
     
   • 合同条款显失公平：若发包程序合法但合同内容显失公平（如价格明显低于市场价），承包方可依据《民法典》第151条请求撤销合同，村两委需返还已支付款项并赔偿损失。

2. 补救措施与风险防控

   • 程序补正：对未履行民主议定程序的，可立即召开村民会议或村民代表会议补决，并留存会议记录、表决结果等证据，降低合同效力风险。
     
   • 合同审查与修改：对已签订合同，重点审查条款是否违反法律强制性规定（如最低价中标、垫资施工等），及时修改违规条款并签订补充协议。
     
   • 行政投诉与举报：若发现村两委成员存在贪污、挪用工程款等违法行为，可向乡镇纪委或县级监察委员会举报，追究相关人员刑事责任。

3. 争议解决路径

   • 协商调解：优先通过乡镇政府、司法所等第三方调解机构协商解决，降低诉讼成本。
     
   • 行政复议或诉讼：若对乡镇政府处理决定不服，可申请行政复议或提起行政诉讼（《行政诉讼法》第12条）。
     
   • 民事诉讼：承包方可就合同效力、工程款支付等争议提起民事诉讼，村两委需准备发包程序文件、合同履行证据等应诉材料。

建议：立即梳理发包程序文件（如会议记录、招标公告、合同文本等），评估瑕疵程度及法律后果。若程序瑕疵可补正，尽快完善手续；若已产生争议，建议委托律师介入，通过法律途径维护权益。如有具体文件或事实需分析，可进一步向我提供细节。