针对村干部在村工程中程序未到位的情况，可依据不同情形采取以下处理方式：

1. 内部监督与纠正
   若程序瑕疵未造成实际损失或影响工程合法性，可优先通过村级内部监督机制处理。例如：

   • 召开村民代表大会或村两委会议，要求村干部说明情况并补全程序（如补签合同、补充公示等）；
     
   • 依据《村民委员会组织法》第三十条，要求村干部公开工程决策、资金使用等关键信息，接受村民质询；
     
   • 若涉及村务监督委员会，可由其出具整改意见并监督落实。
     

2. 行政投诉与追责
   若程序违规导致工程存在质量隐患、资金挪用或利益输送等问题，可向乡镇政府或县级农业农村部门投诉：

   • 依据：《村民委员会组织法》第三十六条明确，村民委员会不依照法律、法规的规定履行法定义务的，由乡、民族乡、镇的人民政府责令改正；
     
   • 流程：提交书面投诉材料（含证据如照片、合同、会议记录等），要求行政部门启动调查并书面回复处理结果；
     
   • 结果：行政部门可责令村干部限期整改，情节严重者可能面临行政处分（如警告、记过）或移送纪检监察机关。
     

3. 法律诉讼途径
   若程序违规直接侵害村民集体权益（如工程款被私分、土地被非法占用），可由村民代表或村集体提起民事诉讼：

   • 案由选择：以“侵害集体经济组织成员权益纠纷”或“合同无效纠纷”等为由起诉村干部及承包方；
     
   • 证据要求：需证明程序违规与损害结果之间的因果关系（如未公示导致村民无法监督、未招标导致工程价虚高等）；
     
   • 责任承担：法院可能判决撤销违规合同、返还财产或赔偿损失，村干部若存在主观故意可能需承担连带责任。
     

4. 刑事举报（极端情形）
   若程序违规背后涉及贪污、挪用公款、职务侵占等犯罪行为，可向公安机关经侦部门报案：

   • 关键证据：银行流水、工程款支付凭证、分包合同等；
     
   • 法律后果：若查实，村干部可能面临《刑法》第二百七十一条（职务侵占罪）、第三百八十二条（贪污罪）等刑事处罚。
     

建议行动步骤：

1. 联合其他村民整理证据（如会议记录、合同、付款凭证等）；
   
2. 优先通过村务监督委员会或村民代表大会提出整改要求；
   
3. 若内部无果，向乡镇政府提交书面投诉并要求书面答复；
   
4. 涉及重大损失时，委托律师协助调查并启动法律程序。
   

提示：程序违规的认定需结合具体环节（如招标、公示、验收等），建议根据实际情况选择最有效的维权路径。如有进一步细节需要分析，可直接向我咨询。