村干部承包本村工程用于支付村级开支的行为，存在法律风险和合规性问题，需根据具体情况处理，核心结论如下：
法律禁止村干部直接承包本村工程
根据《中华人民共和国村民委员会组织法》及《农村基层干部廉洁履行职责若干规定（试行）》，村干部不得利用职务之便，直接承包或通过亲属、关联方间接承包本村工程。此类行为易滋生利益输送、侵占集体资产等问题，即使工程款用于村级开支，仍可能构成“以权谋私”的违规行为。
若工程已实施，需分情况处理
- 未履行法定程序：若工程未通过村民会议或村民代表会议表决、未公开招标，则合同无效。村集体应追回已支付的款项，并重新按法定程序处理（如公开招标或重新审议）。
- 已履行法定程序但村干部参与：即使程序合法，村干部作为承包方仍可能违反“回避制度”。此时需评估工程价格是否合理、资金使用是否透明。若存在价格虚高或开支不实，村干部可能承担行政责任（如责令退赔）或刑事责任（如贪污罪）。
合规建议
- 工程发包：必须通过村民会议或村民代表会议表决，公开招标或比选，确保程序透明。
- 资金使用：村级开支需严格按《村集体经济组织会计制度》执行，工程款应直接支付给承包方，不得通过村干部个人账户中转。
- 监督机制：设立村务监督委员会，定期公开工程进度、资金使用情况，接受村民质询。
若您遇到此类问题，可进一步提供具体细节（如工程金额、决策程序等），我将为您分析法律风险及应对方案。