结论前置：休息日加班工资不会扣除已经发放的工资，而是应当额外支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
详细解释：
加班工资的计算依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，休息日（通常指周六、周日）安排劳动者工作又不能安排补休的，用人单位应支付不低于劳动者本人日或小时工资200%的工资报酬。这一规定明确了休息日加班工资的计算标准，即基于劳动者正常工作时间的工资，额外支付两倍的加班工资。
- 具体计算方法为：劳动者的日或小时工资乘以200%。例如，若劳动者的日工资为200元，则在休息日加班一天且未安排补休时，应获得的加班工资为200元×2=400元。这笔加班工资是额外支付的，不会扣除已经发放的工资。
加班工资与正常工资的关系：
- 加班工资是劳动者在正常工作时间之外提供劳动所应获得的额外报酬，它并不包含在劳动者的正常工资之内。因此，在计算休息日加班工资时，不会扣除已经发放的工资。
- 劳动者的正常工资是根据其一个月内正常工作时间的劳动付出所确定的报酬，而加班工资则是根据加班时间和加班工资标准额外计算的。两者是独立的，互不影响。
用人单位的责任：
- 用人单位在安排劳动者休息日加班后，有义务按照上述规定支付加班工资，或者为劳动者安排补休以替代加班工资。若用人单位既未支付加班工资也未安排补休，则构成违法行为，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁进行维权。
实际操作中的注意事项：
- 劳动合同中可能会对加班工资的计算基数、支付方式等有具体约定。如果合同中有明确规定，且该规定不低于法定标准，则应按照合同约定执行。但无论如何，加班工资都是额外支付的，不会扣除已经发放的工资。
- 不同地区对于工资支付的具体规定可能存在细微差异。因此，在实际操作中，建议劳动者了解并遵守当地的法律法规和政策规定。
举例说明：
假设某劳动者的月工资为5000元，日工资为200元（按21.75天计算）。若该劳动者在一个月内休息日加班了2天且未获得补休，则其应获得的加班工资为200元×2×2=800元。这笔加班工资将额外支付给劳动者，不会扣除其已经发放的5000元工资。
建议：
- 劳动者在遇到休息日加班的情况时，应了解自己的权益和加班工资的计算标准。
- 若用人单位未按照规定支付加班工资或安排补休，劳动者应及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁进行维权。
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