结论：单休员工仲裁要求周六日加班费补发，具体是补发一天还是两天，需根据员工实际加班情况及公司规章制度综合判断，但通常情况下，若员工每周仅休息一天且周六正常工作，则周六应视为加班日，应补发一天的加班费；若周六、周日均工作，则应补发两天的加班费。以下为详细分析：
一、加班费的计算基础
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
- 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
二、单休员工周六日加班费的计算
若公司实行单休制度，且周六为正常工作日：
- 在这种情况下，周六并非休息日，而是正常工作日。若员工在周六被安排加班，且公司未安排补休，则公司应按照不低于工资的百分之二百的标准支付加班费，即补发一天的加班费。
- 若周日员工也被安排加班，且同样未安排补休，则周日也应视为加班日，公司需再补发一天的加班费。
若公司规章制度或劳动合同中明确周六为休息日，但实际安排员工工作：
- 即便公司规章制度或劳动合同中有所规定，但实际安排员工在周六工作，且未安排补休的，周六仍应视为加班日，公司需支付不低于工资的百分之二百的加班费。
- 同理，若周日也被安排工作且未补休，则周日也应补发加班费。
三、特殊情况下的考虑
- 综合计算工时制：若公司实行综合计算工时制，且经劳动行政部门批准，员工的加班时间可能按照综合计算周期内的总工时来计算。但即便如此，若员工在周六、周日等休息日被安排工作，且总工时超过法定标准，公司仍需支付加班费。
- 不定时工作制：对于实行不定时工作制的员工，其加班时间的计算可能更为复杂。但通常情况下，若员工在休息日被安排工作，且无法安排补休的，公司也应支付加班费。
四、建议与提醒
- 保留证据：员工在主张加班费时，应保留好相关证据，如加班通知、考勤记录、工资条等，以便在仲裁或诉讼中证明自己的加班事实。
- 及时维权：若员工发现公司未依法支付加班费，应及时向公司提出异议，并保留好相关证据。若公司拒绝支付，员工可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 咨询专业律师：在处理劳动纠纷时，由于法律条款复杂且涉及个人权益，建议员工咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
最后，单休员工在仲裁要求周六日加班费补发时，应根据自己的实际加班情况及公司规章制度来综合判断应补发的天数。若遇到复杂情况或不确定如何处理时，可直接向我咨询以获取更专业的法律帮助。