公司规定员工赔付丢失货款是否合法，需分情况讨论：
若劳动合同或公司规章制度中有明确且合法的约定：
- 合法性前提：劳动合同中需明确约定员工因过错导致货物丢失需承担赔偿责任，且该条款不违反法律法规的强制性规定。同时，公司规章制度需合法制定并公示，对员工具有约束力。
- 赔偿原则：赔偿应遵循公平、合理的原则，考虑实际损失、员工过错程度等因素。例如，若员工因重大过失（如玩忽职守、故意不履行工作职责）导致货物丢失，可能需承担较高比例的赔偿责任，甚至全部损失；若因一般过失（如一时疏忽大意）导致货物丢失，则可能承担相对较低比例的赔偿责任。
- 工资扣除限制：根据《工资支付暂行规定》，赔偿金额可从员工工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
若劳动合同或公司规章制度中无明确约定，或约定违法：
- 不合法性：若公司未在劳动合同或规章制度中明确约定员工需赔付丢失货款，或约定违反法律法规的强制性规定（如要求员工承担全部损失而不考虑过错程度、工资扣除超过法定比例等），则该规定不合法。
- 员工权益：在此情况下，员工有权拒绝承担不合理的赔偿责任。若公司强行扣除员工工资或采取其他不当措施，员工可通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自身合法权益。
法律建议：
- 对于公司：建议制定明确的规章制度，并与员工签订相关协议，明确员工在货物丢失情况下的赔偿责任及标准。同时，确保规章制度合法制定并公示，对员工具有约束力。在发生货物丢失时，应全面考虑实际损失、员工过错程度等因素，公平、合理地确定赔偿责任。
- 对于员工：在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于赔偿责任的部分。若公司规章制度中有关于丢货赔偿的规定，也应了解并遵守。在发生货物丢失时，应保留好相关证据，如货物清单、丢失报告等，以便在需要时证明自己的过错程度或无过错情况。若认为公司规定的赔偿责任不合理或违法，可通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自身合法权益。
可能法律后果：
- 若公司规定合法且员工存在过错导致货物丢失，员工可能需承担相应的赔偿责任。
- 若公司规定不合法或员工无过错导致货物丢失，员工有权拒绝承担赔偿责任。若公司强行扣除员工工资或采取其他不当措施，可能面临劳动仲裁或诉讼的风险，并需承担相应的法律责任。
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