“两班倒十二小时”工作制的合法性需根据具体情况综合判断，主要涉及工作时间、休息休假、加班工资支付及审批程序等多个方面。以下是详细分析：
合法情形
综合计算工时工作制下：
- 对于需要实行综合计算工时工作制的岗位，如因生产特点不能实行标准工时制的，经劳动行政部门批准，可以实行综合计算工时工作制。在此制度下，其综合计算工作时间周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间（如以月为周期，约为176小时）。
- 如果“两班倒十二小时”工作制在综合计算周期内确保劳动者的总工作时间未超过法定标准，并且合理安排了补休，那么这种工作制在工作时间方面是合法的。但超出部分应视为延长工作时间，用人单位需依法支付加班费。
不定时工作制下：
- 对于某些特殊行业或岗位，如铁路、航空、电力等，可能需要实行不定时工作制。此制度下无固定上下班时间限制，因此单纯的“两班倒十二小时”不能直接认定违法。
- 但用人单位仍需确保职工的休息休假权利得到保障，且该制度也需经过劳动行政部门的审批。
特殊情况下的延长工作时间：
- 在特定情况下，如因生产经营需要并经过工会和劳动者同意，企业可以延长工作时间，但一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下，每日不得超过三小时，每月不得超过三十六小时。若“两班倒十二小时”工作制符合这些条件，且已获得必要审批，则可能是合法的。
不合法情形
超出法定工时且未获审批：
- 如果用人单位未经批准，擅自实行“两班倒十二小时”工作制，且导致劳动者工作时间明显超出法定标准（每日8小时，每周40或44小时），则构成违法。
未支付加班工资或未安排补休：
- 若劳动者的工作时间超过了法定标准，企业必须按照《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定支付加班工资。具体为：延长工作时间支付不低于工资的150%的工资报酬；休息日工作且不能安排补休的支付不低于工资的200%；法定休假日工作的支付不低于工资的300%。若企业未支付加班工资或未安排补休，则违法。
未保障劳动者休息权利：
- 《劳动法》规定用人单位应保证劳动者每周至少休息一日。若企业未遵守这一规定，也是不合法的。
建议与指导
- 对于企业：在实行“两班倒十二小时”工作制前，应仔细评估是否符合劳动法的相关规定，包括工时制度、加班工资支付、休息休假保障等，并确保获得必要的审批。
- 对于劳动者：应密切关注自己的工作时间和权益保障情况，如有疑问或发现权益受损（如超时工作未获加班费、未安排补休等），应及时采取措施维护自身合法权益，比如先与用人单位协商，协商不成可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
综上所述，“两班倒十二小时”工作制的合法性取决于多个因素的综合考量。企业和劳动者都应严格遵守劳动法的规定，确保工作制度的合法性和劳动者的权益保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。