一天12小时两班倒的工作制度是否合法，需根据具体情况综合判断，主要涉及工作时间、休息休假、加班工资支付及审批程序等多个方面。以下是从不同角度进行的详细分析：
合法情形
综合计算工时工作制下：
- 如果企业实行的是综合计算工时工作制，并且已经获得了相关劳动行政部门的批准，那么在这种制度下，只要在一个综合计算周期内（如月、季度等），劳动者的总工作时间未超过法定标准（如月工作时间约为176小时），并且企业合理安排了补休，那么一天12小时两班倒的工作制度在工作时间方面是合法的。
- 法律依据：根据《国务院关于职工工作时间的规定》，对于实行综合计算工时工作制的岗位，其平均日工作时间和周工作时间应与法定标准基本相同。
加班工资支付合规：
- 若劳动者的工作时间超过了法定标准，但企业按照《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定支付了加班工资，即延长工作时间支付不低于工资的150%的工资报酬，休息日工作且不能安排补休的支付不低于工资的200%，法定休假日工作的支付不低于工资的300%，那么这种工作制度在加班工资支付方面是合法的。
特殊行业或岗位的审批：
- 对于某些特殊行业或岗位，如铁路、航空、电力等，可能需要实行不定时工作制或综合计算工时工作制。如果这些特殊工时制度已经获得了劳动行政部门的审批，并在保障劳动者身体健康的基础上实施，那么一天12小时两班倒的工作制度在这些特殊行业或岗位中可能是合法的。
不合法情形
工作时间严重超时且无补休和加班工资：
- 如果企业长期实行一天12小时两班倒的工作制度，导致劳动者的工作时间远远超过法定标准，且未安排补休或支付加班工资，这种情况是违法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条和第四十一条，劳动者每日工作时间不超过八小时，平均每周工作时间不超过四十四小时，且延长工作时间一般每日不得超过一小时，特殊原因下不得超过三小时，每月不得超过三十六小时。
未保障劳动者休息权利：
- 《劳动法》规定用人单位应保证劳动者每周至少休息一日。若企业未遵守这一规定，也是不合法的。例如，如果一天12小时两班倒的工作制度导致劳动者连续多日无法休息，就违反了这一规定。
未经审批实行特殊工时制度：
- 如果企业未经劳动行政部门批准，擅自实行不定时工作制或综合计算工时工作制，并实行一天12小时两班倒的工作制度，那么这种制度也是违法的。
建议与指导
- 对于企业：在实行一天12小时两班倒的工作制度前，应仔细评估是否符合劳动法的相关规定，并确保获得必要的审批。同时，要合理安排劳动者的工作时间和休息休假，确保劳动者的身体健康和合法权益得到保障。
- 对于劳动者：应密切关注自己的工作时间和权益保障情况。如果发现企业实行的工作制度违反了劳动法的规定，如工作时间严重超时、未支付加班工资或未保障休息权利等，应及时向企业提出异议或向当地劳动监察部门投诉，以维护自身合法权益。
综上所述，一天12小时两班倒的工作制度是否合法，取决于多个因素的综合考量。企业和劳动者都应严格遵守劳动法的规定，确保工作制度的合法性和劳动者的权益保障。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。