员工被存疑不起诉，羁押期间工资原则上应恢复发放并补发羁押期间工资，但需分情况讨论，具体分析如下：

1. 存疑不起诉的法律性质
   存疑不起诉（又称“证据不足不起诉”）是指检察机关认为现有证据不足以证明犯罪事实，依法作出不起诉决定。此时员工在法律上未被认定有罪，其劳动关系仍受《劳动合同法》保护，用人单位不得以“被羁押”为由直接解除劳动合同或停发工资。

2. 羁押期间工资的处理原则
   根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第28条及司法实践，羁押期间工资处理需分阶段：

   • 羁押期间：员工因涉嫌犯罪被限制人身自由，无法正常提供劳动，用人单位可暂停支付工资，但需保留劳动关系；
     
   • 存疑不起诉后：员工被释放且未被追究刑事责任，用人单位应恢复劳动关系，并补发羁押期间的工资（按劳动合同约定或单位规章制度执行）。若单位规章制度违法（如规定“被羁押即停薪”），则该条款无效，员工有权主张补发。

3. 特殊情形下的工资处理

   • 若员工被错误羁押：如后续查明无罪，员工可依据《国家赔偿法》申请国家赔偿，同时要求单位补发工资；
     
   • 若单位以“旷工”为由解除合同：存疑不起诉后，员工可主张单位违法解除劳动合同，要求继续履行合同或支付赔偿金（2N倍工资）；
     
   • 若员工涉嫌严重违纪：即使存疑不起诉，若单位能证明员工存在《劳动合同法》第39条规定的严重违纪行为（如贪污、盗窃等），可依法解除合同且无需支付补偿。

4. 实务建议

   • 对员工：保留羁押证明、不起诉决定书等材料，与单位协商补发工资；协商不成可申请劳动仲裁，主张补发工资及赔偿金；
     
   • 对单位：完善规章制度，明确“被羁押期间工资处理规则”（需经民主程序并公示），避免违法风险；若拟解除合同，需充分收集员工违纪证据。

总结：存疑不起诉后，员工有权要求单位补发羁押期间工资，单位不得以“被羁押”为由单方面停薪。若遇争议，建议根据具体情况准备证据，通过协商或法律途径解决。如有进一步疑问，可直接向我咨询。