针对您提出的“老板被抓了工程款两年没结怎么办”的问题，我理解您现在可能既担心工程款的追回，又对老板被抓后的法律程序感到困惑。以下是我从多个角度为您分析并给出的建议：

1. 工程款追回的法律途径：

   • 民事诉讼：尽管老板被抓，但您与老板（或其公司）之间的工程款结算关系属于民事法律关系。您可以依据双方签订的合同、结算单等证据，向法院提起民事诉讼，要求支付工程款及可能的违约金或利息。法院在审理后，若认定您的诉求合理，会判决对方支付相应款项。
   • 申请财产保全：在提起民事诉讼的同时或之前，您可以考虑向法院申请财产保全，冻结老板（或其公司）的银行账户、房产等资产，以确保判决后能够顺利执行，防止资产被转移或隐匿。

2. 老板被抓后的法律程序影响：

   • 刑事案件与民事案件的独立性：老板被抓涉及的是刑事案件，而您追讨工程款是民事案件。两者在法律上是独立的，刑事案件的进展不会直接影响民事案件的审理和判决。但需要注意的是，如果老板被判刑且财产被没收或用于赔偿其他受害者，可能会影响到您工程款的执行。
   • 参与刑事案件中的附带民事诉讼：在某些情况下，如果老板的犯罪行为直接导致了您的经济损失（如诈骗、合同诈骗等），您可以在刑事案件审理过程中提起附带民事诉讼，要求赔偿损失。但这需要具体分析老板被抓的原因和您的损失是否直接相关。

3. 实际操作建议：

   • 收集证据：首先，您需要收集所有与工程款结算相关的证据，包括合同、结算单、付款记录、沟通记录等。这些证据将对您提起民事诉讼或参与刑事附带民事诉讼至关重要。
   • 咨询专业律师：由于法律程序复杂且涉及多个领域，我建议您咨询一位专业律师，特别是擅长刑事辩护和民事诉讼的律师。律师可以根据您的具体情况，为您制定合适的法律策略，并代表您参与法律程序。
   • 关注刑事案件进展：虽然刑事案件与民事案件独立，但了解刑事案件的进展有助于您评估工程款追回的可能性。您可以与律师保持沟通，及时了解老板被抓后的法律程序动态。

4. 可能的法律后果：

   • 如果老板有偿还能力：在民事诉讼中胜诉后，如果老板（或其公司）有足够的资产来支付工程款，您将能够顺利追回欠款。
   • 如果老板无偿还能力：如果老板被判刑且财产被没收或用于赔偿其他受害者，或者其公司已经破产或无力支付，您可能需要考虑其他途径来追回欠款，如申请破产清算中的债权申报等。但这种情况下，追回欠款的可能性会相对较低。

总结来说，您可以通过民事诉讼来追讨工程款，并考虑申请财产保全以确保判决后能够顺利执行。同时，关注老板被抓后的刑事案件进展，并在必要时咨询专业律师以制定合适的法律策略。希望这些建议能够对您有所帮助，如果您有任何进一步的问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。