公司取消底薪是否合法，需根据具体情况进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、合法情况
合同约定与规章制度明确：
- 若劳动合同或公司规章制度中已明确规定了底薪的设立及取消条件，且公司在符合这些规定的前提下取消底薪，该行为通常被视为合法。例如，合同中明确写明公司可根据经营状况调整工资结构，包括取消底薪，并且此约定不违反法律法规的强制性规定。
程序合法性与民主协商：
- 公司在取消底薪时，必须遵循法定程序，如提前通知员工、与员工进行协商，并经过民主程序（如与工会或职工代表大会讨论）等。这些程序的履行是确保取消行为合法性的关键。
- 当公司面临严重经营困难时，若按照《劳动合同法》规定的民主程序进行讨论、协商，并向员工公示说明取消底薪的原因和必要性，此行为亦具有合法性。
双方协商一致：
- 如果公司与员工就取消底薪一事进行了充分沟通，并达成了一致意见，该行为同样合法。协商过程最好以书面形式记录，并由双方签字确认。
二、不合法情况
违反合同约定：
- 若劳动合同中明确规定了底薪的构成、发放方式等，而公司未经员工同意擅自取消，则属于单方面变更劳动合同内容，此行为不合法。
未履行法定程序与告知义务：
- 公司若未经过与工会、职工代表大会的协商讨论，也未向员工说明合理理由，直接取消底薪，则侵犯了员工的知情权和参与权，此行为违法。
存在恶意目的：
- 若公司并非基于经营需要，而是出于恶意降低员工工资、逼迫员工离职等不正当目的取消底薪，此行为显然不合法。
违反法律法规：
- 若取消底薪的行为违反了法律法规的强制性规定，如涉及最低工资标准、劳动报酬支付等方面的法规，则该行为同样不合法。根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。因此，如果取消底薪后员工的工资低于当地最低工资标准，则此行为违法。
三、员工应对措施
查看合同与规章制度：员工应首先仔细查阅自己的劳动合同和公司规章制度，了解其中关于底薪的具体约定和规定。
与公司沟通协商：若对取消底薪有异议，员工应积极与公司进行沟通协商，尝试达成一致意见。
寻求法律途径：若协商无果，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在申请过程中，员工应提供充分的证据来支持自己的主张，如劳动合同、工资条、公司通知等。
总结与建议：公司取消底薪的合法性取决于多种因素的综合考量，包括合同约定、程序合法性、双方协商情况以及是否违反法律法规等。员工在面对此类问题时，应充分了解自己的权益并采取适当的措施来维护自己的合法权益。同时，公司也应遵守相关法律法规和合同约定，确保取消底薪的行为合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。