用补充协议取消底薪是否合法，需分情况讨论：
若补充协议内容合法且双方自愿签署：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的变更应当遵循平等自愿、协商一致的原则。如果用人单位与劳动者通过协商，达成一致意见，并签署了补充协议来取消底薪，且该补充协议的内容不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么这种取消底薪的行为是合法的。
- 举例：假设某员工与用人单位在劳动合同中约定了底薪加提成的薪酬结构，后来由于市场变化或公司经营策略调整，双方协商一致，通过签署补充协议取消了底薪，仅保留提成部分，且该补充协议明确、具体，不违反法律法规，那么这种调整就是合法的。
若补充协议内容违法或非双方自愿签署：
- 如果补充协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者是在非自愿、欺诈、胁迫等情况下签署的，那么该补充协议是无效的，取消底薪的行为也是违法的。
- 举例：如果用人单位利用自身优势地位，强迫劳动者签署取消底薪的补充协议，或者补充协议中规定了明显不合理的薪酬结构，损害了劳动者的合法权益，那么这种补充协议就是无效的，劳动者有权要求用人单位按照原劳动合同履行义务。
法律建议：
- 对于劳动者而言，在签署任何补充协议前，都应仔细阅读协议内容，确保自己的权益不受损害。如果对协议内容有疑问或不满，应及时与用人单位沟通协商，必要时可以寻求法律援助。
- 对于用人单位而言，应尊重劳动者的合法权益，遵循平等自愿、协商一致的原则进行劳动合同的变更。在签署补充协议前，应充分告知劳动者协议内容，并确保劳动者在充分理解的基础上自愿签署。
可能的法律后果：
- 如果用人单位违法取消底薪，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付拖欠的工资及相应的经济补偿。
- 如果劳动者因用人单位违法取消底薪而解除劳动合同的，用人单位还需支付经济补偿金。
总结：用补充协议取消底薪是否合法，关键在于补充协议的内容是否合法以及双方是否自愿签署。在签署任何涉及劳动合同变更的补充协议时，都应谨慎对待，确保自己的合法权益不受损害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。