核心结论：工伤证下来后公司补发工资，需根据补发工资的性质、金额以及是否包含应得项目等情况，分不同情形处理，具体如下：
- 若补发工资为正常应发工资且金额无误
- 分析：公司补发工资的行为符合法律规定。在工伤期间，劳动者依法享有获得劳动报酬的权利，公司之前可能因各种原因未按时足额发放工资，现在进行补发，只要补发的工资是按照劳动合同约定的工资标准以及相关法律法规规定计算得出的，包括基本工资、奖金、津贴等应得项目，那么公司的行为是合法合规的。
- 建议：劳动者可以正常接收该笔补发工资，并核对工资明细，确保各项金额准确无误。同时，保留好工资条等相关证据，以备后续可能出现的纠纷。
- 若补发工资未包含工伤期间应享受的停工留薪期工资差额
- 分析：根据《工伤保险条例》规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。如果公司补发的工资低于劳动者在停工留薪期内应得的工资标准，即存在停工留薪期工资差额，那么公司的行为就违反了法律规定。
- 建议：劳动者应首先与公司进行沟通协商，要求公司按照法律规定补足停工留薪期工资差额。可以向公司提供相关的法律法规依据，如《工伤保险条例》第三十三条等。如果公司拒绝补足，劳动者可以向劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令公司限期支付；也可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。在申请仲裁时，劳动者需要提供工伤认定决定书、劳动合同、工资发放记录等证据来证明自己的主张。
- 若补发工资中包含不合理扣除项目
- 分析：公司在发放工资时，不得随意扣除劳动者的工资。根据《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。如果公司补发的工资中存在不合理的扣除项目，如以莫须有的理由扣除工资等，就侵犯了劳动者的合法权益。
- 建议：劳动者应与公司沟通，要求公司说明扣除工资的理由和依据。如果公司无法提供合理的解释和依据，劳动者可以要求公司返还被扣除的工资。若公司拒绝返还，劳动者同样可以向劳动监察部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。在处理此类问题时，劳动者要注意收集和保留相关证据，如工资条、扣除工资的通知等。