结论：在竞业期限内员工违规，但公司过了两年才发现，公司是否还能追责员工的责任，这主要取决于是否超过了法律规定的诉讼时效期间。若未超过，公司可以追责；若已超过，则公司可能丧失胜诉权。
详细分析：
诉讼时效期间的规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这意味着，如果公司发现员工在竞业期限内违规，且该违规行为给公司造成了损失，公司应在知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起三年内提起诉讼。
诉讼时效期间的起算点：
- 诉讼时效期间通常从公司知道或应当知道员工违规行为之日起计算。如果公司过了两年才发现员工违规，但此时距离公司知道或应当知道违规行为之日尚未超过三年，那么公司仍然有权提起诉讼追责。
- 如果公司发现员工违规行为的时间距离知道或应当知道之日已经超过了三年，那么公司可能因超过诉讼时效期间而丧失胜诉权。但需要注意的是，如果存在诉讼时效中断或中止的情形（如公司曾向员工主张过权利、员工同意履行义务等），诉讼时效期间可能会重新计算或延长。
公司追责的方式：
- 如果公司决定追责，可以通过与员工协商、发送律师函、提起民事诉讼等方式进行。在提起诉讼时，公司需要提供充分的证据证明员工存在违规行为，并证明该行为给公司造成了损失。
实际操作中的建议：
- 对于公司而言，一旦发现员工在竞业期限内违规，应尽快采取行动，包括收集证据、与员工沟通、咨询专业律师等，以确保在诉讼时效期间内提起诉讼。
- 同时，公司也应加强内部管理，完善竞业限制协议的执行和监督机制，以减少类似违规行为的发生。
举例说明：
假设员工A在竞业期限内违规加入了竞争对手公司，并在两年后被原公司发现。如果原公司在发现违规行为后立即采取行动，并在三年内提起了诉讼，那么原公司有可能获得胜诉并追回损失。但如果原公司在发现违规行为后拖延了时间，导致超过了三年的诉讼时效期间，那么原公司可能因超过时效而丧失胜诉权。
进一步思考：
除了诉讼时效期间的问题外，公司在追责员工时还需要考虑其他因素，如证据的充分性、违规行为的严重性、给公司造成的损失大小等。因此，建议公司在发现员工违规行为后，及时咨询专业律师，制定合适的追责策略。
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