结论：在竞业限制期内员工入职竞对公司，即便竞业期结束后才发现，公司仍有权追责，但需注意诉讼时效及证据收集等问题。以下从不同角度详细分析：
一、法律背景与依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
二、追责的可能性与条件
竞业限制协议的有效性：
- 首先，需要确认员工与公司之间是否签订了有效的竞业限制协议。该协议应明确竞业限制的范围、地域、期限以及经济补偿的标准等。
- 若协议有效，则员工在竞业限制期内入职竞对公司的行为构成违约，公司有权追责。
违约行为的发现时间：
- 尽管竞业限制期结束后才发现员工的违约行为，但这并不影响公司追责的权利。因为违约行为的发生是在竞业限制期内，且该行为具有持续性（即员工在竞对公司持续工作）。
- 公司发现违约行为后，应及时收集证据并启动追责程序。
诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
- 因此，公司应在发现员工违约行为后的三年内提起诉讼或仲裁，否则可能丧失追责的权利。
三、追责的具体措施与建议
收集证据：
- 公司应收集员工在竞业限制期内入职竞对公司的相关证据，如劳动合同、工作证明、社保缴纳记录等。
- 同时，收集竞业限制协议、经济补偿支付记录等证据，以证明员工存在违约行为且公司已履行相关义务。
启动追责程序：
- 公司可以选择通过劳动仲裁或民事诉讼的方式追责。劳动仲裁通常适用于劳动争议案件，而民事诉讼则适用于更广泛的民事纠纷。
- 在启动追责程序前，公司应评估案件的胜诉可能性及成本效益，以制定合理的诉讼策略。
寻求法律支持：
- 由于法律程序复杂且涉及专业法律知识，公司应寻求专业律师的支持。律师可以协助公司收集证据、制定诉讼策略、参与庭审等，提高追责的成功率。
四、可能面临的法律后果
员工需支付违约金：
- 若公司追责成功，员工需按照竞业限制协议的约定向公司支付违约金。违约金的数额通常根据员工的违约行为给公司造成的损失以及员工的过错程度等因素确定。
公司可能获得其他赔偿：
- 除了违约金外，公司还可能因员工的违约行为获得其他赔偿，如因员工泄露商业秘密而造成的直接经济损失等。
最后建议：公司在发现员工违约行为后，应及时采取行动并寻求专业律师的支持。同时，公司也应加强内部管理，完善竞业限制协议等制度，以预防类似事件的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。