被告应当负担的案件受理费，在符合法定条件时，是可以申请执行的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、法律依据
根据《诉讼费用交纳办法》第二十九条：“诉讼费用由败诉方负担，胜诉方自愿承担的除外。部分胜诉、部分败诉的，人民法院根据案件的具体情况决定当事人各自负担的诉讼费用数额。共同诉讼当事人败诉的，人民法院根据其对诉讼标的的利害关系，决定当事人各自负担的诉讼费用数额。” 以及《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，如果被告未按照生效法律文书指定的期间履行给付案件受理费的义务，原告有权向人民法院申请执行。
二、申请执行的条件
- 生效法律文书：必须有已经生效的法律文书，如判决书、裁定书等，明确被告应当负担案件受理费。
- 履行期限届满：被告未在法律文书指定的期间内履行给付义务。
- 申请执行：原告需向人民法院提交申请执行书，并提供相关证据材料，如生效法律文书、被告未履行义务的证明等。
三、申请执行的流程
- 准备材料：原告应准备好申请执行书、生效法律文书、被告未履行义务的证明等材料。
- 提交申请：将上述材料提交至有管辖权的人民法院，即作出生效法律文书的法院。
- 法院审查：人民法院对申请执行的材料进行审查，符合条件的，予以立案执行。
- 执行措施：人民法院可以采取查询、冻结、划拨被执行人的存款，扣留、提取被执行人的收入，查封、扣押、拍卖、变卖被执行人的财产等执行措施，以强制被告履行给付案件受理费的义务。
四、注意事项
- 时效性：申请执行的期间为二年，从法律文书规定履行期间的最后一日起计算；法律文书规定分期履行的，从规定的每次履行期间的最后一日起计算；法律文书未规定履行期间的，从法律文书生效之日起计算。因此，原告应在法定期限内及时申请执行。
- 证据收集：原告在申请执行前，应尽可能收集被告未履行义务的证据，如银行转账记录、财产状况证明等，以便在执行过程中提供有力支持。
- 执行风险：虽然法律赋予了原告申请执行的权利，但执行过程中仍存在一定风险，如被告无财产可供执行、财产难以变现等。因此，原告在申请执行前，应对被告的财产状况进行充分了解，并做好风险评估。
总结与建议：被告应当负担的案件受理费，在符合法定条件时，原告可以依法向人民法院申请执行。在申请执行过程中，原告应准备好相关材料，了解执行流程，并注意时效性和证据收集等问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。