针对您提出的“农民工闹事，但结算款已经付完，只是手续没做好”的问题，这确实是一个需要细致处理的情况。以下是我为您提供的详细分析和建议：

一、问题核心分析

1. 结算款已付：这表明从财务角度，款项已经支付，但可能由于手续不全或沟通不畅，导致农民工并未确认收到款项或认为手续未完成即视为未支付。

2. 手续未做好：手续可能涉及支付凭证、签字确认、合同结算单等，这些手续的缺失可能导致农民工对支付情况产生疑虑，进而引发不满和闹事。

3. 农民工闹事：这可能是由于信息不对称、沟通不畅或农民工对支付流程不了解所导致的。他们的主要诉求是确保自己的劳动成果得到应有的报酬。

二、处理建议

1. 立即沟通解释：

   • 迅速与农民工代表或全体农民工进行沟通，明确告知结算款已经支付，并展示相关支付凭证。
   • 解释手续未完成的具体原因，如银行转账延迟、内部审批流程等，并承诺尽快完善手续。

2. 完善支付手续：

   • 加快内部审批流程，确保所有支付手续尽快完成。
   • 如果涉及银行转账，与银行沟通确认转账状态，并获取转账回执作为支付证明。
   • 准备完整的支付文件，包括支付凭证、签字确认单等，以备农民工查阅。

3. 提供透明信息：

   • 向农民工提供详细的支付清单，包括支付金额、支付时间、支付方式等，确保信息透明。
   • 如果可能，邀请农民工代表参与手续完善过程，增加信任度。

4. 法律途径准备：

   • 如果农民工闹事行为升级，考虑咨询法律专业人士，了解相关法律法规，准备必要的法律文件。
   • 在必要时，可以寻求警方或相关部门的协助，维护现场秩序。

5. 建立长效沟通机制：

   • 以此为契机，建立与农民工的长效沟通机制，定期通报项目进展和支付情况。
   • 提供法律咨询和维权渠道，帮助农民工了解自身权益和维权方式。

三、预防措施

1. 加强合同管理：在项目开始前，与农民工签订规范的劳动合同，明确支付条款和手续要求。
2. 完善支付流程：建立透明的支付流程，确保每一步都有明确的记录和确认。
3. 增强法律意识：定期对农民工进行法律培训，提高他们的法律意识和维权能力。

综上所述，处理此类问题需要迅速、透明和负责任的态度。通过及时沟通、完善手续、提供透明信息和建立长效沟通机制，可以有效化解矛盾，维护社会稳定和谐。希望这些建议能对您有所帮助。