结论：在解除劳动合同赔偿金存在争议的情况下，公司一般不可以随意申请注销员工备案，但具体是否可行还需根据争议的具体情况、公司注销的合法程序以及相关法律法规的规定来综合判断。
分析说明：
员工备案的性质与目的：
- 员工备案通常是公司为了管理员工信息、履行劳动法律法规义务而进行的登记行为。它记录了员工的基本信息、劳动合同情况、工资发放等关键数据，是公司人力资源管理的重要组成部分。
- 注销员工备案意味着公司不再承认与该员工的劳动关系，并可能涉及一系列后续处理，如工资结算、社保转移等。
解除劳动合同赔偿金争议的影响：
- 当解除劳动合同赔偿金存在争议时，说明公司与员工之间就劳动合同的解除、赔偿等问题存在分歧。这种分歧可能涉及法律条款的解读、事实认定的差异等。
- 在争议未解决之前，公司单方面注销员工备案可能被视为对员工权益的侵害，因为注销备案可能影响员工后续维权、社保转移等权益的实现。
公司注销员工备案的合法程序：
- 公司注销员工备案应当遵循一定的合法程序，包括但不限于与员工协商一致、完成工资结算、社保转移等后续工作。
- 在解除劳动合同赔偿金存在争议的情况下，公司应当首先通过协商、调解、仲裁或诉讼等途径解决争议，而不是直接注销员工备案。
相关法律法规的规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的规定，公司在解除劳动合同时应当依法支付经济补偿或赔偿金。如果公司未依法支付，员工有权向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁。
- 在争议期间，公司应当保持员工备案的完整性，以便后续处理争议和履行相关法律义务。
法律建议：
- 对于公司：在解除劳动合同赔偿金存在争议的情况下，公司应当积极与员工协商解决争议，避免单方面注销员工备案。如果协商无果，可以通过劳动仲裁或诉讼等途径解决争议。同时，公司应当确保在注销员工备案前完成所有相关法律义务，如工资结算、社保转移等。
- 对于员工：如果公司单方面注销员工备案且存在解除劳动合同赔偿金争议，员工可以向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司恢复备案、支付赔偿金等。在维权过程中，员工应当保留好相关证据，如劳动合同、工资单、解除劳动合同通知书等。
可能后果：
- 如果公司未经合法程序单方面注销员工备案，可能面临劳动行政部门的处罚，如罚款、责令改正等。
- 同时，公司还可能因侵害员工权益而承担民事赔偿责任，如支付赔偿金、赔偿损失等。
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