在仅有付款凭证而无书面合同的情况下发生土地使用权纠纷，政府通常会结合付款凭证、实际履行情况、双方陈述及其他证据综合判断权属归属，并可能通过调解或行政裁决解决争议。以下是具体分析：

1. 政府处理此类纠纷的基本原则
   根据《土地管理法》及相关法规，土地权属争议应遵循“尊重历史、结合现实、公平合理”的原则。即使没有书面合同，政府也会通过调查取证（如付款凭证、土地使用现状、证人证言等）还原事实，避免因形式要件缺失而忽视实质权益。

2. 付款凭证的证明力
   付款凭证（如转账记录、收据等）是关键证据之一，但需结合其他证据形成完整链条：

   • 若付款凭证明确标注“土地转让款”“承包费”等用途，且金额、时间与土地使用事实吻合，可证明双方存在事实合同关系；
     
   • 若凭证未注明用途，需结合土地实际占有、使用情况（如耕种、建设痕迹）辅助证明。

3. 政府可能的处理方式

   • 调解优先：政府会组织双方协商，结合付款凭证、实际使用情况等提出调解方案，促成和解；
     
   • 行政裁决：若调解失败，政府将依据调查结果作出裁决，明确土地权属。裁决依据包括：付款凭证、土地使用历史、双方陈述、第三方证据（如村委会证明）等；
     
   • 建议诉讼：若争议复杂或证据不足，政府可能建议通过司法途径解决，此时付款凭证将作为民事诉讼中的重要证据。

4. 实务建议

   • 补充证据：尽快收集土地使用期间的照片、视频、水电费缴纳记录、证人证言等，强化付款凭证的证明力；
     
   • 书面确认：若双方仍有合作意愿，可补签书面协议明确权属，避免后续纠纷；
     
   • 申请政府调查：主动向自然资源部门提交证据，申请启动权属调查程序，推动争议解决。

总结：付款凭证虽非合同，但可作为证明土地权属关系的重要证据。政府会综合全案证据作出判断，建议积极配合调查并补充其他证据，以维护自身权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作方案。