核心结论：只有购房合同没有付款凭证时，可通过补充证据、协商解决、诉讼举证等方式来维护自身权益，具体如下：
- 补充收集证据
- 寻找间接证据：虽然没有直接的付款凭证，但可以尝试收集其他能间接证明付款事实的证据。比如银行转账记录，即使没有保留纸质凭证，也可以到银行柜台或通过网上银行打印出转账明细，上面会显示转账的时间、金额、收款方等信息，若收款方与购房合同中的卖方一致，就能在一定程度上证明付款情况；如果是现金支付，可以寻找当时在场的证人，证人证言在法律上也是一种证据形式，不过证人需要出庭作证，且其证言要与其他证据相互印证才更有说服力。
- 查看聊天记录等：现在很多交易会通过微信、短信等方式进行沟通，其中可能会涉及到付款的约定、催促付款或确认收款等内容。将这些聊天记录保存好，并进行公证，以增强其证据效力。例如，在微信聊天记录中，卖方明确表示“已收到你的购房款XX元”，这就是一个很有力的证据。
- 与对方协商解决
- 友好沟通：可以主动与购房合同的另一方（通常是卖方）进行友好协商，说明自己确实已经付款，只是没有保留好付款凭证的情况。在协商过程中，要保持冷静和理性，避免情绪化的争吵。可以提供一些能辅助证明付款的线索，如付款的大致时间、付款方式等，看对方是否认可。
- 签订补充协议：如果双方能够达成一致，可以签订一份补充协议，明确双方对于购房款已支付的认可。补充协议要写明双方的基本信息、购房合同的基本情况、付款的事实以及双方的权利义务等内容，并由双方签字或盖章确认。这样，补充协议就可以作为证明付款事实的有效证据。
- 通过诉讼解决（若协商不成）
- 起诉准备：如果协商无法解决问题，可以考虑通过法律途径解决。在起诉前，要准备好购房合同以及所有能够收集到的与付款相关的证据材料。同时，要确定好诉讼请求，比如要求对方继续履行合同、办理房屋过户手续等。
- 举证责任：在诉讼过程中，根据“谁主张，谁举证”的原则，你需要承担证明已支付购房款的举证责任。虽然缺乏直接的付款凭证，但通过前面收集的间接证据，形成一个完整的证据链，也有可能得到法院的支持。法院会根据双方提供的证据，结合案件的具体情况，综合判断付款事实是否存在。例如，如果银行转账记录、证人证言、聊天记录等证据相互印证，能够形成一个合理的逻辑链条，证明你确实已经支付了购房款，那么法院就有可能认定付款事实成立。
在处理这类问题时，每个案件的具体情况都有所不同，如果你还有其他疑问或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询。