购房合同付款凭证丢失后，仍可通过其他方式完成备案，但需根据具体情况采取不同措施。以下是具体分析和建议：

1. 联系开发商或卖方补开凭证
   付款凭证（如收据、发票、银行转账记录等）是证明购房款支付的关键证据。若丢失，首先应联系开发商或卖方，说明情况并请求补开相关凭证。若对方同意，需确保补开的凭证内容与原凭证一致（如金额、时间、付款方式等），并加盖公章或签字确认，以保障其法律效力。

2. 提供替代证据证明付款事实
   若无法补开凭证，可通过其他证据链证明付款事实，例如：

   • 银行转账记录：若通过银行转账支付房款，可向银行申请打印转账流水，并加盖银行公章，作为付款证明。
     
   • 第三方支付记录：若通过支付宝、微信等第三方平台支付，可截图保存交易记录，并申请平台出具电子支付凭证。
     
   • 证人证言：若付款时有第三方在场（如中介、亲友），可请其出具书面证言，证明付款事实。
     
   • 沟通记录：保存与开发商或卖方的沟通记录（如微信、邮件、短信等），证明双方曾就付款事宜达成一致。

3. 向房管部门说明情况并提交材料
   备案时，需向当地房管部门（如不动产登记中心）说明付款凭证丢失的情况，并提交上述替代证据。房管部门会根据材料完整性审核备案申请。若材料充分，通常会予以备案；若材料不足，可能要求补充其他证明（如开发商出具的书面确认函）。

4. 预防风险：及时补办或公证
   为避免后续纠纷，建议：

   • 若补开凭证，可要求开发商或卖方在凭证上注明“原凭证丢失，此为补开”并签字盖章。
     
   • 若替代证据较多，可向公证处申请公证，固定证据效力，增强备案通过率。

温馨提示：购房合同备案是保障购房者权益的重要环节，务必确保材料真实、完整。若对流程或材料有疑问，可直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细指导。