核心结论：有租房合同但没有支付凭证时，可通过收集其他间接证据、与对方协商、寻求第三方调解或通过法律诉讼等途径来维护自身权益，具体需根据实际情况选择合适方式。以下是详细说明：

1. 收集其他间接证据
   • 沟通记录：查找与房东或租客之间关于租金支付的聊天记录，无论是短信、微信、QQ 还是电子邮件等。例如，在微信聊天记录中，一方明确提到“这个月租金已经转给你了”，另一方回复“收到了”，这样的对话就可以作为租金已支付的间接证据。
   • 证人证言：如果有共同居住的室友、邻居或者了解租房情况的朋友，他们可以作为证人出庭作证，证明租金支付的事实。比如室友可以证明看到租客在某个时间将租金交给了房东。
   • 银行流水推测：虽然可能没有直接的支付给房东的记录，但如果有规律性的资金支出，且支出金额与租金相符，结合其他证据，也可以在一定程度上证明租金支付情况。例如，租客每个月固定日期从银行账户取出一笔与租金金额相同的现金，结合其他证据可以推测这笔现金用于支付租金。
2. 与对方协商
   • 友好沟通：主动与房东或租客进行友好协商，说明自己虽然没有支付凭证，但确实已经履行了支付租金的义务，尝试让对方认可这一事实。在沟通时，要保持冷静和理性，避免情绪化的争吵。例如，租客可以诚恳地对房东说：“我确实已经把租金给您了，可能是当时没注意保存支付凭证，您看能不能咱们一起想想办法解决这个问题。”
   • 达成书面协议：如果双方能够达成一致，可以签订一份书面的协议，明确租金已经支付的事实以及双方的权利义务，避免后续再次产生纠纷。协议内容可以包括租金支付的金额、时间、方式以及双方对没有支付凭证这一情况的认可等。
3. 寻求第三方调解
   • 居委会或村委会调解：如果租房纠纷发生在社区或农村，可以向当地的居委会或村委会申请调解。这些基层组织具有一定的权威性和公信力，能够帮助双方进行沟通和协商，达成一个双方都能接受的解决方案。例如，居委会可以组织双方坐下来，听取各自的陈述，然后根据实际情况提出调解建议。
   • 租房中介调解：如果是通过租房中介签订的合同，可以要求中介介入调解。中介作为租房交易的第三方，对双方的情况比较了解，也有一定的调解经验和能力。中介可以根据合同约定和相关法律法规，协助双方解决纠纷。
4. 法律诉讼途径
   • 准备诉讼材料：如果协商和调解都无法解决问题，可以考虑通过法律诉讼来维护自己的权益。在起诉前，需要准备好相关的诉讼材料，包括租房合同、收集到的其他间接证据、起诉状等。起诉状要详细说明纠纷的事实、理由和诉讼请求，例如要求对方确认租金已支付或者要求对方继续履行合同等。
   • 参与诉讼过程：在诉讼过程中，要积极配合法院的调查和审理工作，按照法院的要求提供证据和参加庭审。法院会根据双方提供的证据和法律规定，对纠纷进行判决。如果对判决结果不服，还可以在规定的时间内提起上诉。