对于有采矿证但矿山未批先建被处罚后，矿石的处理方式需分情况讨论，具体如下：

1. 若处罚决定中明确要求停止开采并限期整改，但未明确矿石处置方式
   根据《矿产资源法》及《行政处罚法》的相关规定，行政机关在处罚时通常会要求企业停止违法行为（如未批先建），但若处罚决定未明确要求没收矿石或责令限期处置，企业可采取以下措施：

   • 合法处置矿石：若矿山已取得采矿许可证，且开采行为本身符合采矿证规定的范围、方式等条件（仅因未批先建程序违法被处罚），企业可在整改期间向自然资源主管部门申请补办相关审批手续（如建设用地审批、环境影响评价等）。待手续补办完成后，矿石可作为合法开采的产物进行销售或加工。
     
   • 暂存矿石：若整改期间无法立即补办手续，企业应将矿石妥善存放于指定区域，避免随意堆放造成环境污染或安全隐患。同时需向行政机关报备暂存情况，并承诺在整改期限内完成手续补办或矿石处置。

2. 若处罚决定中明确要求没收矿石或责令限期处置
   根据《矿产资源法》第三十九条，未取得采矿许可证擅自采矿的，由相关部门责令停止开采、赔偿损失，没收采出的矿产品和违法所得。虽然本案中企业已取得采矿证（仅程序违法），但若行政机关在处罚时援引该条款或依据《行政处罚法》第二十八条（责令改正或限期改正违法行为），可能要求企业：

   • 没收矿石：若行政机关认定“未批先建”导致开采行为整体违法，可能没收已采出的矿石。此时企业需配合执行，并在收到处罚决定后60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼（若对处罚有异议）。
     
   • 限期处置矿石：若行政机关要求企业限期将矿石运出矿区或进行其他处置（如回填、无害化处理），企业需在规定期限内完成，并保留处置凭证（如运输单据、处理合同等）以备核查。

3. 若企业未履行处罚决定，矿石可能被强制执行
   若企业未在法定期限内履行处罚决定（如未补办手续、未处置矿石），行政机关可依据《行政强制法》申请法院强制执行，包括查封、扣押、拍卖矿石等。此时企业不仅面临矿石被处置的风险，还可能因拒不执行处罚决定被追加罚款或承担其他法律责任。

建议：

• 立即整改：企业应优先补办未批先建涉及的相关审批手续（如建设用地规划许可、环境影响评价批复等），确保矿山建设合法化。
  
• 与行政机关沟通：在处罚决定下达后，主动联系自然资源主管部门或综合执法部门，明确矿石处置的具体要求（如是否需没收、暂存期限等），避免因信息不对称导致进一步违法。
  
• 保留证据：妥善保存采矿许可证、处罚决定书、整改通知、矿石处置凭证等材料，以备后续复议、诉讼或核查使用。
  

若对处罚决定或矿石处置方式有疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情和地方性法规为您提供详细分析。