股权变更协议虚假但工商已经变更了，经办人是否需要承担责任，这取决于经办人在整个过程中的具体行为和角色。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、经办人的法律责任基础
经办人的角色与义务：
- 经办人通常是公司或相关方在办理股权变更手续时的具体执行人员。
- 经办人有义务确保所提交的变更材料真实、准确、完整，并符合相关法律法规的要求。
虚假协议的法律后果：
- 如果股权变更协议是虚假的，即协议内容不真实或存在欺诈成分，那么该协议可能因违反法律法规而无效。
- 虚假协议可能导致工商变更登记的撤销，并可能引发法律纠纷和赔偿责任。
二、经办人可能承担的责任类型
民事责任：
- 如果经办人因故意或过失导致虚假协议被用于工商变更登记，给相关方造成损失的，经办人可能需要承担赔偿责任。
- 赔偿范围通常包括直接经济损失和因虚假协议导致的其他间接损失。
行政责任：
- 如果经办人的行为违反了工商行政管理法律法规，如提交虚假材料等，工商行政管理部门可能对经办人进行行政处罚，如罚款、警告等。
刑事责任：
- 在极端情况下，如果经办人的行为构成犯罪，如伪造公司、企业、事业单位、人民团体印章罪或诈骗罪等，经办人可能需要承担刑事责任。
- 这通常取决于经办人行为的性质、情节以及造成的后果等因素。
三、经办人责任的具体判定
主观故意与过失：
- 如果经办人明知股权变更协议是虚假的，仍然故意提交用于工商变更登记，那么经办人可能构成故意违法行为，需要承担较重的法律责任。
- 如果经办人因疏忽大意或过于自信而未能发现协议的虚假性，那么经办人可能构成过失违法行为，需要承担相应的法律责任，但通常较故意违法行为为轻。
行为与后果的因果关系：
- 经办人的行为必须与虚假协议被用于工商变更登记以及由此造成的后果之间存在因果关系。
- 如果经办人的行为与后果之间没有因果关系，或者经办人已经采取了合理措施防止后果的发生，那么经办人可能不需要承担法律责任。
四、建议与措施
对于经办人：
- 在办理股权变更手续时，务必确保所提交的材料真实、准确、完整。
- 如果对协议的真实性存在疑问，应及时向公司或相关方进行核实和确认。
- 在发现虚假协议后，应立即采取措施防止其被用于工商变更登记，并及时向相关部门报告。
对于公司或相关方：
- 应加强对经办人的培训和管理，提高其法律意识和风险意识。
- 在办理股权变更手续前，应对协议的真实性进行严格审查和核实。
- 如果发现经办人存在违法行为或疏忽大意导致虚假协议被用于工商变更登记，应及时采取措施追究其法律责任。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据你的具体情况提供详细的法律建议和指导。