签了股权协议但未进行工商变更，该协议在通常情况下是有效的，但可能受到一定限制，尤其是不能对抗善意第三人。以下从多个角度为你详细分析：
一、股权协议的法律效力
通常情况下有效：
- 股权协议作为一种特殊的合同，只要其内容是各方当事人真实意思表示，不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么协议在签订时即成立并生效，对协议各方具有法律约束力。这意味着，即使未进行工商变更登记，股权协议本身仍然是有效的，各方应按照协议约定履行义务。
特殊情形下可能无效：
- 若存在欺诈、胁迫、恶意串通等法定无效情形，或转让的股权本身存在瑕疵（如不可转让、已质押等），则股权协议可能会被认定为无效。在这些特殊情况下，即使进行了工商变更登记，协议也可能因违法或违背公序良俗而被撤销或确认无效。
二、工商变更登记的作用与影响
公示公信效力：
- 工商登记是商事主体取得合法经营资格的前提，也是确认股东资格和股权比例的重要依据。它具有公示公信的效力，能够保护交易相对人的信赖利益。因此，工商变更登记对于股权转让的外部效力至关重要。
对抗善意第三人的要件：
- 未经工商登记的股权变更，不得以此对抗善意第三人。如果公司股权结构发生变更但未进行工商登记，而善意第三人基于工商登记信息与公司进行交易，那么未进行工商登记的股权受让人将无法以其实际享有的股权对抗该善意第三人。这可能导致受让人面临丧失股权的风险。
对股东权利行使的限制：
- 虽然股权协议有效，但在实践中，一些股东权利的行使可能会受到影响。例如，在涉及公司重大决策、利润分配等事项时，公司可能会以工商登记信息为准来确认股东资格和股权比例。因此，未进行工商登记可能会给股东权利的行使带来一定障碍。
三、法律建议
签订合法有效的股权转让协议：
- 在签订股权协议前，应仔细审查协议内容，确保其符合法律法规的规定。同时，双方应具有相应的民事行为能力，且意思表示真实。这是保障股权协议有效性的基础。
及时办理工商登记：
- 股权转让协议生效后，应尽快办理工商变更登记手续。这不仅能增强协议的公示效力，还能有效保护双方的合法权益。特别是对于受让人而言，及时办理工商登记是确保其股东地位得到法律认可的重要步骤。
妥善保管协议及证据：
- 在未办理工商登记的情况下，应妥善保管股权转让协议及相关证据材料。一旦发生纠纷，这些证据将成为维护自身权益的重要依据。例如，如果因未办理工商登记而导致股权被善意第三人取得，受让人可以通过诉讼等方式主张自己的权益，而股权转让协议及相关证据将是证明其主张的关键。
综上所述，签了股权协议但未进行工商变更并不影响协议的效力，但为保护自身权益和避免潜在风险，建议及时办理工商登记手续。如果你在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。