工商登记档案中是否包含股权变更协议需分情况讨论：

1. 若股权变更已依法完成工商登记
   根据《公司登记管理条例》第三十四条，公司变更股东的，应当自变更之日起30日内申请变更登记，并提交新股东的主体资格证明或自然人身份证明。实践中，工商部门通常要求提交股权转让协议作为变更依据，因此已登记的股权变更档案中一般会包含股权变更协议。该协议作为登记材料的核心文件，会与章程修正案、股东会决议等文件一并存档。

2. 若股权变更未完成工商登记
   若仅签订股权转让协议但未办理工商变更登记，则工商档案中不会存在该协议。此时股权变动仅在协议双方间产生合同效力，对外不具有公示公信力。需注意，未登记的股权转让可能引发”一股二卖”等风险。

3. 特殊情形说明

   • 部分早期登记案例可能因材料简化要求，仅留存股权转让协议的摘要或关键条款，而非完整协议文本
     
   • 若通过继承、赠与等非协议方式变更股权，档案中会留存公证书、法院判决书等替代性文件
     
   • 涉外股权变更可能因公证认证要求，协议以副本形式存档

建议：如需调取完整股权变更协议，可向公司登记机关申请政府信息公开，或通过诉讼程序申请法院调取档案。若发现档案材料缺失，可要求登记机关履行补正职责。具体操作可进一步向我说明情况后提供指导。