员工社保的缴纳基数并非单纯按合同约定数额计算，按合同约定数额计算社保缴纳基数是否合法需分情况讨论：
- 一般情况下，社保缴纳基数应按实际工资确定，而非仅依据合同
- 根据《社会保险法》及相关规定，职工应当按照本人上年度月平均工资作为社保缴费基数。这里的工资总额包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资以及特殊情况下支付的工资等。用人单位应当如实申报职工的缴费基数，社保经办机构会对缴费基数进行核定。
- 如果劳动合同中约定的工资低于职工实际工资水平，用人单位仅按照合同约定工资缴纳社保，这是不合法的行为。例如，员工实际月工资为10000元，但合同约定工资为5000元，用人单位按5000元作为社保缴费基数，就损害了员工的合法权益，员工有权要求用人单位按照实际工资水平补缴社保。
- 特殊情况下，合同约定可作为参考，但仍需符合规定
- 当职工本人工资低于当地上年度职工月平均工资60%的，按照当地上年度职工月平均工资的60%作为缴费基数；职工本人工资高于当地上年度职工月平均工资300%的，按照当地上年度职工月平均工资的300%作为缴费基数。在这种情况下，即使合同约定的工资在这个范围内，也需要按照上述规定的上下限来确定缴费基数。
- 如果新入职员工，由于还没有上年度月平均工资数据，那么可以按照入职首月的全月工资收入作为缴费基数。此时，如果合同中明确约定了首月工资，且该工资符合实际情况和法律规定，那么可以按照合同约定来确定缴费基数，但后续随着工资变化，缴费基数也应相应调整。
如果用人单位不按照规定缴纳社保，员工可以采取以下措施：
- 与用人单位协商，要求其按照实际工资水平补缴社保。
- 向当地社保经办机构或劳动监察部门投诉，由相关部门责令用人单位改正，并可能对用人单位进行处罚。
- 如果因社保问题与用人单位产生劳动争议，员工可以申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
如果你在社保缴纳方面遇到具体问题，如用人单位不依法缴纳社保、对社保缴费基数有争议等，可以直接向我咨询。