结论：在厂长工作已经交接好的情况下，是否可以扣除其工资，需根据具体情况判断，一般情况下，若交接工作符合规定且无其他扣款事由，不应扣除工资；若存在法定或约定的扣款情形，则可能扣除相应工资。以下从不同角度进行分析：

一、法定扣款情形

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位在以下情形下可以扣除劳动者工资：

1. 代扣代缴个人所得税：用人单位需按照国家规定，从劳动者工资中代扣代缴个人所得税。

2. 代扣代缴应由劳动者个人负担的各项社会保险费用：如养老保险、医疗保险、失业保险等。

3. 法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费：若劳动者有法院判决或裁定要求支付抚养费、赡养费等，用人单位可依法代扣。

4. 法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用：如劳动者因违反公司规章制度或造成公司损失，公司可依据内部规章制度或劳动合同约定扣除相应工资，但扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。

若厂长存在上述法定扣款情形，且扣除金额符合规定，则用人单位可以扣除其工资。

二、约定扣款情形

除了法定扣款情形外，用人单位与劳动者还可以在劳动合同中约定其他扣款情形，如：

1. 绩效考核不达标：若劳动合同或公司规章制度中明确规定了绩效考核标准及扣款规则，且厂长绩效考核未达标，则用人单位可依据约定扣除相应工资。

2. 违反公司规章制度：若厂长违反了公司规章制度，且该规章制度中明确规定了扣款规则，则用人单位可依据约定扣除相应工资。但同样需注意，扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。

若厂长与用人单位在劳动合同中约定了其他扣款情形，且该约定合法有效，则用人单位可以依据约定扣除其工资。

三、无扣款事由的情形

若厂长工作已经交接好，且不存在上述法定或约定的扣款情形，则用人单位不应扣除其工资。用人单位无故扣除劳动者工资属于违法行为，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付被扣除的工资及相应的经济补偿。

建议

1. 对于用人单位：在扣除劳动者工资前，应仔细审查是否存在法定或约定的扣款情形，并确保扣除金额符合规定。同时，应保留好相关证据，如绩效考核结果、违反规章制度的证据等，以备不时之需。

2. 对于劳动者（如厂长）：若认为用人单位无故扣除其工资，应及时与用人单位沟通协商，要求支付被扣除的工资。若协商无果，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

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