结论：厂长是否有资格扣除员工（这里理解为厂长是否有权对员工进行处罚，包括但不限于扣除工资等，因直接“扣除员工”表述不准确，我们理解为对员工进行某种形式的处罚）并非绝对，而是取决于多种因素，包括公司规章制度、法律规定以及厂长是否获得合法授权等。
一、厂长有处罚员工权力的情况
公司规章制度明确赋予权限：
- 如果公司的规章制度、员工手册等内部文件中明确规定厂长具有对员工进行处罚（包括扣除工资等）的权限，并且这些规章制度是依法经过民主程序制定、内容合法且已向全体员工公示的，那么厂长在符合规定条件和程序的前提下，可以行使处罚员工的权力。
- 例子：某公司员工手册规定，员工迟到超过一定次数，厂长有权扣除其当月部分工资作为处罚。若该规定合法且已公示，厂长在员工迟到次数达标时，有权进行处罚。
获得公司合法授权：
- 公司可以通过正式的授权文件或其他法律认可的形式，明确授予厂长在一定条件下对员工进行处罚的权力。例如，公司书面授权厂长对违反特定严重工作纪律的员工有权直接作出扣除工资等处罚决定。在此授权范围内，厂长的处罚行为是合法的。
二、厂长没有处罚员工权力的情况
无相关规定或授权：
- 如果公司的规章制度中未明确赋予厂长对员工进行处罚的权力，也未通过其他形式对其进行相关授权，那么厂长个人无权擅自对员工进行处罚，包括扣除工资等。此时，处罚员工的决定应由公司按照既定的组织架构和决策流程来作出。
处罚行为不符合法律规定和公司程序：
- 即使厂长拥有一定的处罚权限，但在行使该权力时也必须严格遵守法律规定和公司的程序。若处罚行为未进行充分的调查核实、未听取员工的陈述和申辩、未按照法律规定支付相应的经济补偿（如因处罚导致员工工资低于最低工资标准时）等，则该处罚行为可能被视为违法，员工有权通过法律途径维护自己的合法权益。
- 法律背景：根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并公示或者告知劳动者。同时，用人单位在处罚员工时，必须遵循合法、公正、公开的原则，不得侵犯员工的合法权益。
三、实际操作中的建议
- 对厂长：在实际操作中，如果厂长认为有必要对员工进行处罚，应首先查阅公司的规章制度和授权文件，确保自己具有合法的处罚权限。若确实具备处罚权限，也应严格按照法律规定的程序进行操作，包括进行调查核实、听取员工陈述和申辩等。
- 对员工：如果员工认为厂长的处罚行为违法或不合理，可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。
总结：厂长是否有资格对员工进行处罚并非由其个人意志决定，而是需根据公司的规章制度、法律规定以及是否获得合法授权来综合判断。在实际操作中，各方应严格遵守相关法律法规和公司内部规定，确保处罚行为的合法性和公正性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。